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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001222

染色体: Chr08 坐标: 9855562-9859654 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001222
名称SmilChr08G001222
描述nudix hydrolase 19, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向9855562 - 9859654 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000811
GeneID131000811
locus_tag-
NCBI NameLOC131000811
原始查询SmilChr08G001222

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nudix hydrolase 19, chloroplastic
产物nudix hydrolase 19%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G20070 (NUDX19)
nudix hydrolase homolog 19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832129]
identity=66.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0141166
-
identity=62.9; qcov=0.935; evalue=1.75e-166; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0006734 (GO:0006734); GO:0006742 (NADP+ catabolic process); GO:0019677 (NAD+ catabolic process); GO:0035529 (NADH pyrophosphatase activity)
KEGGsmil00760 (Nicotinate and nicotinamide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00293 (NUDIX); PF09296 (NUDIX-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000811

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057782885.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057782885.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057782885.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782885.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782885.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:9855704 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B23,C18
Chr8:9855944 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr8:9855949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:9855968 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B136
Chr8:9855968 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B136
Chr8:9856052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:9856100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,C16,C52,D4
Chr8:9856245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr8:9856248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr8:9857139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B138,B15,C1
Chr8:9857183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:9858424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782885.1
430 aa
N
1
215
430
NUDIX-like
NUDIX
C
PF09296 NUDIX-like 107-196 aa PF00293 NUDIX 236-351 aa
XP_057782886.1
430 aa
N
1
215
430
NUDIX-like
NUDIX
C
PF09296 NUDIX-like 107-196 aa PF00293 NUDIX 236-351 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782885.1 Pfam PF09296 NUDIX-like Domain 107 196 2.9e-08 35.1 NADH pyrophosphatase-like rudimentary NUDIX domain
XP_057782885.1 Pfam PF00293 NUDIX Domain 236 351 3.9e-20 73.0 NUDIX domain
XP_057782886.1 Pfam PF09296 NUDIX-like Domain 107 196 2.9e-08 35.1 NADH pyrophosphatase-like rudimentary NUDIX domain
XP_057782886.1 Pfam PF00293 NUDIX Domain 236 351 3.9e-20 73.0 NUDIX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926903.1
AGTTGGAGAATCTAATCCTAGAGCAACAGGTAGTGTGGCACGTGCCGGTCCGCCGCCTTCCATTTGATACCAAGAGCTCCGATTTCCATAAACTACAGCAACATAAAAACAAGACAAAAAGTATGCTCTTAATTCCGTCATCCTCAATCACAACCTTCTTCTCCAGAACGCTACTCAATCCCAATTCCCGCACCCTCCTCCGCACAATGGCCTCCAATTCCCACGCCTTCGCCGGTAACCCCATACGAACCAAAACCCCC...
XM_057926902.1
AGTTGGAGAATCTAATCCTAGAGCAACAGGTAGTGTGGCACGTGCCGGTCCGCCGCCTTCCATTTGATACCAAGAGCTCCGATTTCCATAAACTACAGCAACATAAAAACAAGACAAAAAGTATGCTCTTAATTCCGTCATCCTCAATCACAACCTTCTTCTCCAGAACGCTACTCAATCCCAATTCCCGCACCCTCCTCCGCACAATGGCCTCCAATTCCCACGCCTTCGCCGGTAACCCCATACGAACCAAAACCCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000811
ATGCTCTTAATTCCGTCATCCTCAATCACAACCTTCTTCTCCAGAACGCTACTCAATCCCAATTCCCGCACCCTCCTCCGCACAATGGCCTCCAATTCCCACGCCTTCGCCGGTAACCCCATACGAACCAAAACCCCCAAACCGACCGACCCCGTCTCTCCCCAATCCGCGATCCAAACCCTCAAAACCCTCCTGATTTCGGGTCAAACCGGCCCCTTCTCGCCCGATTTCAGAATCCTGCCGTTCAGGAAGGGCAGGCC...
LOC131000811
ATGCTCTTAATTCCGTCATCCTCAATCACAACCTTCTTCTCCAGAACGCTACTCAATCCCAATTCCCGCACCCTCCTCCGCACAATGGCCTCCAATTCCCACGCCTTCGCCGGTAACCCCATACGAACCAAAACCCCCAAACCGACCGACCCCGTCTCTCCCCAATCCGCGATCCAAACCCTCAAAACCCTCCTGATTTCGGGTCAAACCGGCCCCTTCTCGCCCGATTTCAGAATCCTGCCGTTCAGGAAGGGCAGGCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782885.1
MLLIPSSSITTFFSRTLLNPNSRTLLRTMASNSHAFAGNPIRTKTPKPTDPVSPQSAIQTLKTLLISGQTGPFSPDFRILPFRKGRPLAGWTTEGLKWHLGWLSLGECKVYLENSEAARLGDDAFVYLGCRNENGDDDVVYWAVDVSEVSELVNELGARHFCFVELRTLMVATDWADSTAMGYLAIAGHARALLEWHNTARFCGYCGCGTVSAEAGRRKQCSNELCKKRIYPRVDPVVIMLVIDKDNDCVLLSRQSRFVP...
XP_057782886.1
MLLIPSSSITTFFSRTLLNPNSRTLLRTMASNSHAFAGNPIRTKTPKPTDPVSPQSAIQTLKTLLISGQTGPFSPDFRILPFRKGRPLAGWTTEGLKWHLGWLSLGECKVYLENSEAARLGDDAFVYLGCRNENGDDDVVYWAVDVSEVSELVNELGARHFCFVELRTLMVATDWADSTAMGYLAIAGHARALLEWHNTARFCGYCGCGTVSAEAGRRKQCSNELCKKRIYPRVDPVVIMLVIDKDNDCVLLSRQSRFVP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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