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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001253

染色体: Chr08 坐标: 9940967-9942454 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001253
名称SmilChr08G001253
描述uncharacterized SmilChr08G001253
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向9940967 - 9942454 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000818
GeneID131000818
locus_tag-
NCBI NameLOC131000818
原始查询SmilChr08G001253

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os10g0350800; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os10g0350800; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs10g0350800
-
identity=55.5; qcov=0.571; evalue=2.96e-62; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000818

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057782893.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057782893.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782893.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782893.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782893.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:9941319 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 73 A13,A2,A21,A6,A9,B1,B10,B101,B103,B105,B106,B11,B110,B112,B113,B12,B120,B129,B130,B131,B138,B139,B16,B17,B18,B22,B28,B32,B37,B40,B41,B48,B49,B53,B56,B62,B70,B71,B74,B75,B78,B79,B82,B88,B9,B96,B97,B99,C11,C13,C19,C23,C29,C3,C39,C43,C44,C45,C56,C6,C62,C65,C69,C70,C71,C73,C77,C80,C81,C85,C9,D2,D6
Chr8:9941321 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 73 A13,A2,A21,A6,A9,B1,B10,B101,B103,B105,B106,B11,B110,B112,B113,B12,B120,B129,B130,B131,B138,B139,B16,B17,B18,B22,B28,B32,B37,B40,B41,B48,B49,B53,B56,B62,B70,B71,B74,B75,B78,B79,B82,B88,B9,B96,B97,B99,C11,C13,C19,C23,C29,C3,C39,C43,C44,C45,C56,C6,C62,C65,C69,C70,C71,C73,C77,C80,C81,C85,C9,D2,D6
Chr8:9941327 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 84 A13,A2,A21,A6,A9,B1,B10,B101,B103,B105,B106,B11,B110,B112,B113,B12,B120,B129,B130,B131,B138,B139,B16,B17,B18,B19,B22,B28,B32,B36,B37,B40,B41,B48,B49,B52,B53,B56,B60,B62,B70,B71,B73,B74,B75,B78,B79,B8,B82,B88,B89,B9,B96,B97,B99,C11,C13,C19,C23,C29,C3,C39,C43,C44,C45,C46,C53,C56,C6,C62,C65,C69,C70,C71,C73,C77,C78,C80,C81,C85,C9,D2,D6,D8
Chr8:9941386 C CT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 37 A1,A11,A3,A6,B1,B100,B111,B117,B121,B127,B25,B26,B33,B38,B39,B48,B56,B79,B80,B95,B96,C10,C16,C18,C22,C27,C4,C40,C48,C54,C58,C60,C62,C72,C74,C8,C84
Chr8:9941388 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 2 B66,B8
Chr8:9941388 T TAA 2bp_insertion CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:9941404 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:9941425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B3,C24,C46
Chr8:9941444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B98,C80,D10
Chr8:9941465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B94
Chr8:9941473 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 22 A21,A7,B110,B114,B139,B34,B44,B47,B51,B52,B58,B65,B75,C13,C5,C51,C56,C65,C74,C83,D10,D6
Chr8:9941524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B3,C24,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926910.1
GGTGCTGCGCGGTAGCAGACAAAACAATAGTTGAATGGGGAGACACGGCTCAAGCACCTGGCCCCAACGGGGGAACTTACGGCGACTGCCAACTGGAGGAGGCGCACAGGCAGCGAGAGGCGCAGCACTAAGCAGTGTAGGGCACTGCATCGCCGATTGGAGTTAGGTCATTAAGGAGGCGGAGTAGGGCACTGCGTCGCCGACGGCGAGGGGAAATTCTGGCTCAATGCGAGACGGAGAGGGTGAACTGTTTCGGCGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000818
ATGTGGGTCGGGTCAACCCGTGATCCGCGAAAAGATCAACATGTACATGTACATGTTTGGTTTGTGTTATGCCACGTTTGGCGTGTACGATCGCGATCGAGTAACCTTAATTTGCTGCTCTCAGTAATTTCATTCATGGAGCTCGCTAGAGTAGTGAAGCTTCCACTTTCTTCATTCCTTGTTCGGGAAAAACAAATCCAACACCCAAACACGCCATTAATCCACACTAGAAAAAGCCTTCGGCACCAGAATCTCAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782893.1
MWVGSTRDPRKDQHVHVHVWFVLCHVWRVRSRSSNLNLLLSVISFMELARVVKLPLSSFLVREKQIQHPNTPLIHTRKSLRHQNLNSSPNYSITPKTHFKSQLNDETTRSNSEICGAKFNQKTPSEKTNNLESYAPTMSEIVESSRLQNLDLQLQRFGPFFRITAKSLESGSELGRAEGVIRFWFGGKILHLDSMKLQRETIGMSKSIFGIGLFLGAVAIRLGYDCGCVKAELLAINDTHLYHSKLVRFYKRLGFKEVYE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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