Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001265`

染色体: Chr08 坐标: 10013927-10028772 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001265`
名称	SmilChr08G001265
描述	uncharacterized SmilChr08G001265
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	10013927 - 10028772 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000820`
GeneID	`131000820`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000820`
原始查询	`SmilChr08G001265`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	proline-rich protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841938]; symbol=PRP1; hit=AT1G54970; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	proline-rich protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841938]; symbol=PRP1; hit=AT1G54970; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G54970` (PRP1) proline-rich protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841938] identity=32.3; qcov=0.089; evalue=3.41e-11; confidence=weak
Rice	`Os09g0560850` - identity=32.2; qcov=0.08; evalue=1.16e-09; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000820

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057782894.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057782894.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057782894.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782894.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782894.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:10014527`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr8:10014946`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:10015088`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,B39,B66,C79
`Chr8:10015348`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:10015687`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B31,C56,C9
`Chr8:10016273`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B3,B63,C57
`Chr8:10016275`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B3,B63,C57
`Chr8:10016297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B3,B63,C57
`Chr8:10016474`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr8:10016531`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:10016549`	`A`	`AT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	2	C19,C39
`Chr8:10016549`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C19,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926911.1
CTTCACTCCAGAACCCAGGCAGCATTATTAATTTTAAAATGCCTTCTTTGAGAAGCATCAAACTCTCCTACTCTTCTCCGCCGGCGCTACCTCCTTGTCCAGAGGTGCCAATCACCCCTCCTCCTCCTCCTTGTTCACCTTGCCAACACAAAAACCACTTTCCTCCTCCACCACCGGGAGCTTCTCCTCCGCCTCCGCCTCCGCCTCCGCCTCCACCTCCACCACCTAAACTTGCACCACCAAGGCCAAGTCCTCTTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000820
ATGCCTTCTTTGAGAAGCATCAAACTCTCCTACTCTTCTCCGCCGGCGCTACCTCCTTGTCCAGAGGTGCCAATCACCCCTCCTCCTCCTCCTTGTTCACCTTGCCAACACAAAAACCACTTTCCTCCTCCACCACCGGGAGCTTCTCCTCCGCCTCCGCCTCCGCCTCCGCCTCCACCTCCACCACCTAAACTTGCACCACCAAGGCCAAGTCCTCTTCCGTTTTATCCAGCGGCGATAGCTCCCACGCCATATTTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782894.1
MPSLRSIKLSYSSPPALPPCPEVPITPPPPPCSPCQHKNHFPPPPPGASPPPPPPPPPPPPPPKLAPPRPSPLPFYPAAIAPTPYFPPSPAPFAPHHPPPKTPPRAPKLAPPRPSPLAFYPAAIAPTPYFPPSPAPSVPPHGNNHHPVELSVSIGALFFLSFLALALNHVFGKKLFLPATAGAGGGAAAAAAATAAAAAAAAAAAAPNVINTEQPSASHDDSNDDAVSTSMDPAPHAPQTQGPTEQRKLGQQDEEMNVEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器