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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001271

染色体: Chr08 坐标: 10124784-10131499 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001271
名称SmilChr08G001271
描述QWRF motif-containing protein 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向10124784 - 10131499 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000833
GeneID131000833
locus_tag-
NCBI NameLOC131000833
原始查询SmilChr08G001271

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述QWRF motif-containing protein 2-like
产物QWRF motif-containing protein 2-like
ArabidopsisAT1G49890 (QWRF2)
QWRF motif protein (DUF566) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841412]
identity=52.5; qcov=0.926; evalue=3.77e-161; confidence=high
RiceOs03g0762900
-
identity=35.4; qcov=0.912; evalue=7.71e-68; confidence=medium
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0005813 (centrosome); GO:0005880 (nuclear microtubule); GO:0007098 (centrosome cycle); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0051225 (spindle assembly)
KEGG-
PfamPF04484 (QWRF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000833

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057782919.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057782919.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057782919.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782919.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782919.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:10126000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr8:10126301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr8:10129874 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 4 B45,B62,C4,D4
Chr8:10129874 C CTG 2bp_insertion CDS_variant 4 B45,B62,C4,D4
Chr8:10129986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B63,C57
Chr8:10130404 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:10130806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:10131005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr8:10131029 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B63,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782919.1
635 aa
N
1
318
635
QWRF
C
PF04484 QWRF 290-606 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782919.1 Pfam PF04484 QWRF Family 290 606 4.4e-100 336.0 QWRF family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093800.1
GGTGAAATTGGTCGGTAATACTAAAAAAATTACTCCGATCCCAGAAGTTTTTAAAACTGGTGAATTTCTTTCTTCTTATTTTCCTTAATCATCTTTTTAAAAGTAGAGGACCCCACCCCCACCCCCACCCCCCTTCTTTCTCTCCCCACCTCCACAGACACCCTCTCTCTAAGTTCCTTCCCGGGAAATCTGAACCTTTTTTCTCAGATTTGTAAATACACGGAAGCTCTGTTCAATAGATTTGTTTTTAGTTCGTAGAG...
XM_057926936.1
GGTGAAATTGGTCGGTAATACTAAAAAAATTACTCCGATCCCAGAAGTTTTTAAAACTGGTGAATTTCTTTCTTCTTATTTTCCTTAATCATCTTTTTAAAAGTAGAGGACCCCACCCCCACCCCCACCCCCCTTCTTTCTCTCCCCACCTCCACAGACACCCTCTCTCTAAGTTCCTTCCCGGGAAATCTGAACCTTTTTTCTCAGATTTGTAAATACACGGAAGCTCTGTTCAATAGATTTGTTTTTAGTTCGTAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000833
ATGATGGTGGCCGCTGTTCTCGGCGCAGCTTCAGCAGCTGAGCCGCAAAACCCCAAAACAGCTGCGGCGGCGGCACAAGAGGAACATTCTAGAAGGTCGCCATTGTTGCCGTCGGAGAAAGACAACAGTAATGGAGTTGCAAATAATCCAAGAAAACCTAAATCAAGAATTGTTTCCTCTCGATACATGTCCCCTTCGGCTTCAACTTCAACATCAAATTCATCCTCAGTTTCCTCGTCTTCTTCCAATTCTAGAAGGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782919.1
MMVAAVLGAASAAEPQNPKTAAAAAQEEHSRRSPLLPSEKDNSNGVANNPRKPKSRIVSSRYMSPSASTSTSNSSSVSSSSSNSRRYPSPLIPRSSTPVSNGPKRSVSVDRRRTAAARPLISDLDSKNGNAAEMSAAAKLLVTSTRSLSVSFQGEAFSLPISKTKAAPPNVRKGTPERRRGSTPLRGNQVENSKPSDHNRWPARNRVVNPLSRSLDCRGSGGGDRSKVMGSANGIRTLQQLMNDEKRPSLDGSLSLDLGN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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