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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001272

染色体: Chr08 坐标: 10132537-10138181 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001272
名称SmilChr08G001272
描述QWRF motif-containing protein 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向10132537 - 10138181 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000831
GeneID131000831
locus_tag-
NCBI NameLOC131000831
原始查询SmilChr08G001272

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述QWRF motif-containing protein 2-like
产物QWRF motif-containing protein 2-like
ArabidopsisAT1G49890 (QWRF2)
QWRF motif protein (DUF566) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841412]
identity=51.8; qcov=1.03; evalue=7.97e-173; confidence=high
RiceOs03g0762900
-
identity=38; qcov=0.808; evalue=7.35e-72; confidence=medium
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0005813 (centrosome); GO:0005880 (nuclear microtubule); GO:0007098 (centrosome cycle); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0051225 (spindle assembly)
KEGG-
PfamPF04484 (QWRF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000831

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057782918.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057782918.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057782918.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782918.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782918.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:10133147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B13,B16,C49
Chr8:10134406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C82
Chr8:10136460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B62,C1,C43
Chr8:10136461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C14,C29,C72,D2
Chr8:10136473 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 47 A1,A14,A21,A3,B105,B114,B119,B12,B126,B135,B140,B16,B25,B34,B35,B5,B51,B6,B62,B72,B75,B79,B81,B84,B87,B93,C1,C16,C20,C29,C3,C39,C42,C43,C44,C52,C56,C59,C70,C71,C72,C83,C86,D1,D2,D7,D9
Chr8:10136600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B67,B7
Chr8:10136635 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 24 B105,B119,B12,B140,B34,B35,B53,B75,B84,B87,B93,C14,C16,C29,C3,C43,C47,C52,C56,C71,C72,C83,D2,D9
Chr8:10136945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B5,C52,C59,C71
Chr8:10136987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C43
Chr8:10137054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C43
Chr8:10137109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C43
Chr8:10137129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782918.1
639 aa
N
1
320
639
QWRF
C
PF04484 QWRF 294-609 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782918.1 Pfam PF04484 QWRF Family 294 609 5e-106 355.5 QWRF family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093799.1
GTTTCGCTAAACCCCAAACCCACCCCGTGAATGTACGAAAAGAAACTCAGTGCCCCCAAATCCCACACCAACTCACACACTCTCTCTCTCCTCACCTCCAATCACACTGTCTCTCTCTAACTTCCTTGCCGGAGAACCCGAACTTCTTTTTCCTCAGATTTATATATCTAGGCCAGCTTGGTTTCAATAGAGCAATTATAACTTGGTAGATAATGATCTTGCTAAAAATGTGGTATCCCCATTATGTTTTCTTGAGCTGG...
XM_057926935.1
TAAATCTTGATTAAGGTTAGTTGCGTAACGTCTCTCCAAAGTTTCGCTAAACCCCAAACCCACCCCGTGAATGTACGAAAAGAAACTCAGTGCCCCCAAATCCCACACCAACTCACACACTCTCTCTCTCCTCACCTCCAATCACACTGTCTCTCTCTAACTTCCTTGCCGGAGAACCCGAACTTCTTTTTCCTCAGATTTATATATCTAGGCCAGCTTGGTTTCAATAGAGCAATTATAACTTGGTAGATAATGATCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000831
ATGATGGTGGCTGTCGTTCATGGAGCAGCCTCAGCAGCTGACCGACAAAACCCCAAAACCGCGCAAGAGGAACATTCTAGAAGACCGCCATTGTTGCCGTCGGAGAAAGATAACAGTAATGGAGTTGCAAATAATCAAAGAAAGCCAAAATCAAGAATTGTTTCATCTAGGTACATGTCCCCTTCTTCTTCGACTTCTACATCAAATTCATCCTCGGTTTCCTCGTCTTCTTCCTCTTCCAGAAGGTATCCTTCCCCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782918.1
MMVAVVHGAASAADRQNPKTAQEEHSRRPPLLPSEKDNSNGVANNQRKPKSRIVSSRYMSPSSSTSTSNSSSVSSSSSSSRRYPSPLISRNSTPVSNGPSSGPKRSVSADRRRTAAARPLISDLDSKNGNAAEVSAAAKLLVTSTRSLSVSFQGEAFSLPISKTKAAPPSPNVRKGTPERRRGSTPLRGGGDQVENSKPSSDHNRWPARNRVVNPLSRSLDCRGSGGDRSKVMGSANGIRTLQQLMNDERRPSLDGRLSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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