当前解析结果
SmilChr08G001272| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001272 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001272 |
| 描述 | QWRF motif-containing protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 10132537 - 10138181 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000831 |
|---|---|
| GeneID | 131000831 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000831 |
| 原始查询 | SmilChr08G001272 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | QWRF motif-containing protein 2-like |
| 产物 | QWRF motif-containing protein 2-like |
| Arabidopsis | AT1G49890 (QWRF2)QWRF motif protein (DUF566) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841412] identity=51.8; qcov=1.03; evalue=7.97e-173; confidence=high |
| Rice | Os03g0762900- identity=38; qcov=0.808; evalue=7.35e-72; confidence=medium |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005813 (centrosome); GO:0005880 (nuclear microtubule); GO:0007098 (centrosome cycle); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0051225 (spindle assembly) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04484 (QWRF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000831 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 1.00000 | XP_057782918.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057782918.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057782918.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782918.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782918.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:10133147 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B118,B13,B16,C49 |
Chr8:10134406 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,C82 |
Chr8:10136460 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B62,C1,C43 |
Chr8:10136461 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C14,C29,C72,D2 |
Chr8:10136473 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 47 | A1,A14,A21,A3,B105,B114,B119,B12,B126,B135,B140,B16,B25,B34,B35,B5,B51,B6,B62,B72,B75,B79,B81,B84,B87,B93,C1,C16,C20,C29,C3,C39,C42,C43,C44,C52,C56,C59,C70,C71,C72,C83,C86,D1,D2,D7,D9 |
Chr8:10136600 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,B67,B7 |
Chr8:10136635 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 24 | B105,B119,B12,B140,B34,B35,B53,B75,B84,B87,B93,C14,C16,C29,C3,C43,C47,C52,C56,C71,C72,C83,D2,D9 |
Chr8:10136945 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,B5,C52,C59,C71 |
Chr8:10136987 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C1,C43 |
Chr8:10137054 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C1,C43 |
Chr8:10137109 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C1,C43 |
Chr8:10137129 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782918.1PF04484
QWRF 294-609 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782918.1 |
Pfam | PF04484 |
QWRF | Family | 294 | 609 | 5e-106 | 355.5 | QWRF family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。