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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001288

染色体: Chr08 坐标: 10269255-10270153 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001288
名称SmilChr08G001288
描述uncharacterized SmilChr08G001288
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向10269255 - 10270153 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000903
GeneID131000903
locus_tag-
NCBI NameLOC131000903
原始查询SmilChr08G001288

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Plant basic secretory protein (BSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816011]; symbol=AT2G15220; hit=AT2G15220; species=arabidopsis; confidence=high
产物Plant basic secretory protein (BSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816011]; symbol=AT2G15220; hit=AT2G15220; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G15220 (AT2G15220)
Plant basic secretory protein (BSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816011]
identity=58.6; qcov=0.991; evalue=8.93e-97; confidence=high
RiceOs10g0490900
-
identity=62.6; qcov=0.835; evalue=4.27e-83; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04450 (BSP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000903

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057783028.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057783028.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057783028.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783028.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783028.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:10269267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:10269417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B136
Chr8:10269550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C49
Chr8:10269979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B104,B16,C10,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783028.1
224 aa
N
1
112
224
BSP
C
PF04450 BSP 21-219 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783028.1 Pfam PF04450 BSP Family 21 219 4.3e-78 262.6 Peptidase of plants and bacteria

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927045.1
ATGGCCAACTTCGTGTTGATATTGTCTTGTTTGTCAATCCTATCAGCAATACGAGGAAATGAGGCTGTCCAATACACTGTCACGAACAACGCAGCCACCACTCCAGGCGGTGTTCGGTTTGTGAGGGATATCGGGATCCAATGTACCCTACAAGCCATGAATGCCTCCACAGGCTTCATCTGGAGGACCTTCCAGCAGAGCTCCGCTGCTGATCAGAAAAATGTGCAGAAAGTGAACTTATTTATTGATGACATGAGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000903
ATGGCCAACTTCGTGTTGATATTGTCTTGTTTGTCAATCCTATCAGCAATACGAGGAAATGAGGCTGTCCAATACACTGTCACGAACAACGCAGCCACCACTCCAGGCGGTGTTCGGTTTGTGAGGGATATCGGGATCCAATGTACCCTACAAGCCATGAATGCCTCCACAGGCTTCATCTGGAGGACCTTCCAGCAGAGCTCCGCTGCTGATCAGAAAAATGTGCAGAAAGTGAACTTATTTATTGATGACATGAGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783028.1
MANFVLILSCLSILSAIRGNEAVQYTVTNNAATTPGGVRFVRDIGIQCTLQAMNASTGFIWRTFQQSSAADQKNVQKVNLFIDDMSGVAYTSNDQIHVSARYIQGYGGAVKNEFTGVLYHEMTHVWQWNGGGQAPGGLIEGIADFVRLKAGYAPSHWVKPGQGDRWDQGYDVTARFLDYCNSLKNGFVAQLNKKMRGGYSNNYFVELLGKTVDQVWKDYKAKYA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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