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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001293

染色体: Chr08 坐标: 10302051-10307479 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001293
名称SmilChr08G001293
描述uncharacterized SmilChr08G001293
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向10302051 - 10307479 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000891
GeneID131000891
locus_tag-
NCBI NameLOC131000891
原始查询SmilChr08G001293

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UNC-50 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816013]; symbol=AT2G15240; hit=AT2G15240; species=arabidopsis; confidence=high
产物UNC-50 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816013]; symbol=AT2G15240; hit=AT2G15240; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G15240 (AT2G15240)
UNC-50 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816013]
identity=80.5; qcov=0.984; evalue=3.11e-143; confidence=high
RiceOs09g0109500
-
identity=73.4; qcov=0.973; evalue=2.84e-136; confidence=high
GOGO:0000139 (Golgi membrane)
KEGG-
PfamPF05216 (UNC-50)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000891

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057783014.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057783014.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057783014.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783014.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783014.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:10303057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B67,B7
Chr8:10303311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C82
Chr8:10307285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783014.1
255 aa
N
1
128
255
UNC-50
C
PF05216 UNC-50 24-248 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783014.1 Pfam PF05216 UNC-50 Family 24 248 3.4e-86 289.1 UNC-50 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927031.1
TGTGACAGAGAGGAGGGAACAACAGAAATCTTACTTGAAATTTAAGAGATCTTCAAATCCAATCCATCGATCACAAATCAATAAGCTGGAGTAAAATCAATCAATCAATCAAATCGCGGAAGAAATCAGAGAAGTGGAAGAAGAAGATGTTGCCTACCGCTTCAACAACAAAGGGCCGATCGAGCCAGCAAGCCCGGCCGAATTCGTTTTTCCCGTACCTCCGCAGAATAGTCAAGTGGCAACAGATGGATATTGAATAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000891
ATGTTGCCTACCGCTTCAACAACAAAGGGCCGATCGAGCCAGCAAGCCCGGCCGAATTCGTTTTTCCCGTACCTCCGCAGAATAGTCAAGTGGCAACAGATGGATATTGAATACACTTTCTGGCAAATGCTTAACCTATGCACATCACCGAAAGTCGTATATCAGCACACCAAGTATCATAAGCAAACAAAGAACCAATGGGCACGTGATGATCCTGCATTTGTTGTCATATGTAGTCTTCTTTTGTCAGTTTCCACTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783014.1
MLPTASTTKGRSSQQARPNSFFPYLRRIVKWQQMDIEYTFWQMLNLCTSPKVVYQHTKYHKQTKNQWARDDPAFVVICSLLLSVSTIAYCAAYDHSAGHAVFVVISTLFFHFFVIGAILATFCWFFTNNYLREEAPNSYVVEQRVEWLYAFDVHCNSFFPMFVLLYVLHYFLSPLLVAHGFVPLLLSNALFMVAVSYYHYLNYLGYDVLPFLERTTLFLYPIGVVLVLSPILILSGFNPSRYFMNMYFSQRQYIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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