Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001295`

染色体: Chr08 坐标: 10323362-10324791 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001295`
名称	SmilChr08G001295
描述	uncharacterized SmilChr08G001295
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	10323362 - 10324791 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000887`
GeneID	`131000887`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000887`
原始查询	`SmilChr08G001295`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000887

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783009.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057783009.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783009.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783009.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783009.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:10323608`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr8:10323640`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B80
`Chr8:10323692`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C47
`Chr8:10323746`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	A16,B114,B134,B22,C25,C29,C44,C57,C75
`Chr8:10323843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C53,C87
`Chr8:10323848`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B53,B66,C85,C9
`Chr8:10323863`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B19,C79,D9
`Chr8:10323874`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr8:10323878`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr8:10323888`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr8:10323916`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr8:10323930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B19,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927026.1
TTGTTGGTTTGTTTTGTAGGACGTCTCGACGTTCCTTGGCCGGTGAGTAATAGAAATTTGGAGAGAAGAAGAGCACGTTTCACCACATTTCCTAGCAACCAGAGGCATTTGAAAGTTATCTTGGGAGAAGAGAGTTTAAGACAGACTACTTTGTGGAGTTCCGTCCCTCCTGGTCCAGAAGACTACGTGATGTCGCACCCTAAGATGAATCTTCTTCCAGAAAAGGATAGCTATGAAACTTACTTGAAGATGCGGGAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000887
ATGTCGCACCCTAAGATGAATCTTCTTCCAGAAAAGGATAGCTATGAAACTTACTTGAAGATGCGGGAGAAGAAGAAGGCATCTGGCAGGGGCAAGAAGGGTGTTTCAGGTAGTGAGCCCGTTAGTGAATCCGACGTCCAAGTAGTCGAACCGTCGGGGCGGTCAAAGAGGAAGAAGAAAGCAGCGCCTTTTGAGGTCCCGGACTACTCCGATGGCTCTATCCATCTCACACTTCCTAGTGGGACTTCAGCCCAGACCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783009.1
MSHPKMNLLPEKDSYETYLKMREKKKASGRGKKGVSGSEPVSESDVQVVEPSGRSKRKKKAAPFEVPDYSDGSIHLTLPSGTSAQTDYDSCADHFERLLLEDDRARMLKVGVVDSASTAARLAFQGYQYTLFMKEQLVEAADQLKVALREQDALRKELEEEKGRYETAEKELRDELSLKSHLISTLQSQIGQLEATLEVREEELRFSHLQTVVLTRGEMMKEFKEGKAGSWNVEKGIREMEDVLRDRAEGVGVVDATTDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器