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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001296

染色体: Chr08 坐标: 10331162-10332806 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001296
名称SmilChr08G001296
描述probable carbohydrate esterase At4g34215
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向10331162 - 10332806 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000901
GeneID131000901
locus_tag-
NCBI NameLOC131000901
原始查询SmilChr08G001296

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable carbohydrate esterase At4g34215
产物probable carbohydrate esterase At4g34215
ArabidopsisAT4G34215 (AT4G34215)
carbohydrate esterase, putative (DUF303) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829570]
identity=56.1; qcov=1.02; evalue=1.21e-91; confidence=high
RiceOs03g0857500
-
identity=55.6; qcov=1; evalue=2.29e-85; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03629 (SASA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000901

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057783026.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057783026.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057783026.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057783026.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783026.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:10331592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:10331615 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B43
Chr8:10331615 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B43
Chr8:10331682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B118,B18,B70
Chr8:10331691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B48,C10
Chr8:10331780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:10331810 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C10
Chr8:10331873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:10331909 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr8:10331917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C28,C60
Chr8:10331941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:10331985 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 13 B128,B140,B31,B46,B51,C14,C17,C22,C3,C30,C4,C42,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783026.1
234 aa
N
1
117
234
SASA
C
PF03629 SASA 3-228 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783026.1 Pfam PF03629 SASA Domain 3 228 3e-85 286.2 Carbohydrate esterase, sialic acid-specific acetylesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927043.1
AATGATAAAGGATTTTCAAATGAATAATGAAGAAATGATCTCATCAAAGGTAGCTGACCAGCAAGCTGATGGCACGCCGTAGAAGGTGTCACTATAAGTTATCATGTTATCTATAATATAAATTAATTTGCTAAAACTCATATCTCCAACAAAGTCAACTAGAACGATTCTCGACCTGCTACAAAGTCAACTGAAGCCATTGCTGTACAGTTTGCTAAATAGAAATATGATTCTTCATTTAGCGAAAGAAGCGCAATATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000901
ATGGCCAAACAAGTGTTCATCTTAGGTGGGCAGAGCAACATGTCGGGCCGCGGCGGCGTCCACAAGGATCAATGGGACGGTGTCGTCCCACCGGAGTCCGCCGCCGATGTCGACATGATCTTCCGCCTGAACGCCGGCCTGGAGTGGGAGGCGGCGCACGAGCCCCTCCACCAGGGGCTCGACGCCAACAGAACATGCGGCGTGGGGCCCGGGCTGGCCTTCGCCAACGCGCTCAAGGAGCGCGTGGGCGTGGTGGGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783026.1
MAKQVFILGGQSNMSGRGGVHKDQWDGVVPPESAADVDMIFRLNAGLEWEAAHEPLHQGLDANRTCGVGPGLAFANALKERVGVVGLVPCAVAGTQMKDWAPGAEHYERMVKRAKAAAARGGEIAAVLWYQGEKDTFLKEDADLYRDNVEKLILSLRQHLHLPSLPVILVALASGREYMEKVRDAQKGINLPNVVCVDALGLPLQEDNLHITTEAHIKLGHMMAHSYLTHFLSQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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