当前解析结果
SmilChr08G001297| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001297 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001297 |
| 描述 | probable carbohydrate esterase At4g34215 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 10335327 - 10336949 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000890 |
|---|---|
| GeneID | 131000890 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000890 |
| 原始查询 | SmilChr08G001297 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable carbohydrate esterase At4g34215 |
| 产物 | probable carbohydrate esterase At4g34215 |
| Arabidopsis | AT4G34215 (AT4G34215)carbohydrate esterase, putative (DUF303) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829570] identity=52; qcov=0.962; evalue=9.46e-86; confidence=high |
| Rice | Os03g0857500- identity=52.8; qcov=0.882; evalue=2.78e-81; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03629 (SASA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000890 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057783013.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057783013.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783013.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783013.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783013.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:10335333 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,B67,B7 |
Chr8:10335352 |
C |
CGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 22 | A18,B103,B128,B140,B31,B48,B50,C17,C21,C22,C27,C3,C30,C31,C36,C42,C57,C77,C84,C87,D1,D6 |
Chr8:10335367 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 28 | B107,B117,B121,B133,B139,B27,B3,B5,B50,B53,B61,B66,B8,B89,B91,B98,C16,C24,C45,C46,C54,C65,C74,C78,D10,D11,D3,D5 |
Chr8:10335537 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:10335576 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B140,B45,B62,C75,C82 |
Chr8:10335609 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr8:10335618 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C21,C36,D6 |
Chr8:10335652 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B11,B111,B18,B19,C7 |
Chr8:10335652 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B11,B111,B18,B19,C7 |
Chr8:10335655 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr8:10335721 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B109,B24 |
Chr8:10335752 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,B67,B7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783013.1PF03629
SASA 30-256 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783013.1 |
Pfam | PF03629 |
SASA | Domain | 30 | 256 | 2.6e-81 | 273.3 | Carbohydrate esterase, sialic acid-specific acetylesterase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。