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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001307`

染色体: Chr08 坐标: 10425793-10430905 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001307`
名称	SmilChr08G001307
描述	polyadenylate-binding protein 2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	10425793 - 10430905 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000830`
GeneID	`131000830`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000830`
原始查询	`SmilChr08G001307`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polyadenylate-binding protein 2-like
产物	polyadenylate-binding protein 2-like
Arabidopsis	`AT4G34110` (PAB2) poly(A) binding protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829557] identity=68.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0504800` (OsPABPC3) - identity=72.2; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex)
KEGG	smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF00658 (MLLE); PF13893 (RRM_5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000830

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057782917.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057782917.1`
3	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057782917.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.80000	`XP_057782917.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.80000	`XP_057782917.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:10426385`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C31,C82
`Chr8:10426412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:10427362`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B12,C2
`Chr8:10427362`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B12,C2
`Chr8:10427366`	`C`	`CT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	2	B12,C2
`Chr8:10427366`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B12,C2
`Chr8:10427387`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A13,A20,B12,C2,C23
`Chr8:10427387`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A13,A20,B12,C2,C23
`Chr8:10427414`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	A18,A25,A6,B17,B23,B38,B5,B65,B67,B76,C28,C32,C36,C83,C84,D10
`Chr8:10427415`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	15	A18,A25,A6,B17,B23,B38,B5,B65,B67,B76,C28,C32,C36,C83,D10
`Chr8:10427422`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	14	A18,A25,A6,B17,B23,B38,B5,B65,B67,B76,C28,C32,C36,C83
`Chr8:10427425`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	7	A13,A20,B12,B79,C2,C23,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782917.1

644 aa

322

644

RRM_5

RRM_1

RRM_5

RRM_1

RRM_5

RRM_1

MLLE

PF13893 RRM_5 25-104 aa PF00076 RRM_1 28-98 aa PF13893 RRM_5 112-187 aa PF00076 RRM_1 116-184 aa PF00076 RRM_1 207-275 aa PF13893 RRM_5 209-281 aa PF13893 RRM_5 303-386 aa PF00076 RRM_1 310-378 aa PF00658 MLLE 556-621 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782917.1`	Pfam	`PF13893`	RRM_5	Domain	25	104	3.2e-19	69.5	RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
`XP_057782917.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	28	98	1.4e-92	304.3	RNA recognition motif
`XP_057782917.1`	Pfam	`PF13893`	RRM_5	Domain	112	187	3.2e-19	69.5	RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
`XP_057782917.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	116	184	1.4e-92	304.3	RNA recognition motif
`XP_057782917.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	207	275	1.4e-92	304.3	RNA recognition motif
`XP_057782917.1`	Pfam	`PF13893`	RRM_5	Domain	209	281	3.2e-19	69.5	RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
`XP_057782917.1`	Pfam	`PF13893`	RRM_5	Domain	303	386	3.2e-19	69.5	RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
`XP_057782917.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	310	378	1.4e-92	304.3	RNA recognition motif
`XP_057782917.1`	Pfam	`PF00658`	MLLE	Domain	556	621	4.4e-30	104.2	MLLE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926934.1
TTTGAGTGCACGCAGACTATCCCTTACCCCTCGGCCCCATATAAGTATCGACGCCCAAAATTCGCGCATTTTGGCTGTGCGCAGTTCATCCTGCCCTCCAAATTATCCCTTTTTTATCCATCCGCCACTTCGGCGTCGCCGCCGCCTGTCGTCGCTGGCGGTGATCGTGCCTCTCCGTCGGATCTCCGACCTATGAACCCTTCCCTCTCCTCTCTTTATTGAATACAGCCCCAAAAAAAGAAAAAAATTAGAAAATCCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000830
ATGGCAGCCCAGGTTCAGATGCAGCCTCAAGTGCCGGTGGTGAATGCGGCGGCGTCTGGTGGCGCTCCGTTCGTGACCTCGCTGTACGTCGGCGATCTCGACGTGAACGTGACCGACTCTCAGCTGTACGATCTGTTCAGCCAGATGGGGGATGTGGTATCGGTTAGGGTCTGTAGGGATTTAAGTAGCCGGCGCTCGCTTGGATACGGCTATGTCAACTTTGGCAATCCTCAAGATGCTGAGAGAGCATTGATGGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782917.1
MAAQVQMQPQVPVVNAAASGGAPFVTSLYVGDLDVNVTDSQLYDLFSQMGDVVSVRVCRDLSSRRSLGYGYVNFGNPQDAERALMELNFTPLNGKPIRIMYSHRDPSVRRSGNGNIFIKNLDKDIDHKALHETFSSFGTILSCKVATNSSGQSLGYGFVQYATEESAQKAIEKLNGMLLNGKQVYVGPFVRKQEREMSVDKTKFTNVFVKNISESTTEEDLQQMFGEFGQLTSVVVMRNEDGTSKCFGFVNFEDADDAAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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