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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001311

染色体: Chr08 坐标: 10444744-10449775 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001311
名称SmilChr08G001311
描述wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase 5-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向10444744 - 10449775 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000847
GeneID131000847
locus_tag-
NCBI NameLOC131000847
原始查询SmilChr08G001311

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase 5-like
产物wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase 5-like
ArabidopsisAT5G53390 (FOP1)
O-acyltransferase (WSD1-like) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835420]
identity=33.2; qcov=1.03; evalue=1.88e-79; confidence=low
RiceOs01g0681000
-
identity=37; qcov=1.06; evalue=1.8e-95; confidence=medium
GOGO:0004144 (diacylglycerol O-acyltransferase activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0019432 (triglyceride biosynthetic process); GO:0047196 (long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03007 (WS_DGAT_cat); PF06974 (WS_DGAT_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000847

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057782950.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057782950.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782950.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782950.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782950.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:10444952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:10445451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,C45,C80
Chr8:10445507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:10445917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:10448710 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B6
Chr8:10448710 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B6
Chr8:10448712 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B6
Chr8:10448712 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr8:10448881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr8:10448964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B96,C49,C85
Chr8:10449018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B101
Chr8:10449107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B75,B91,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782950.1
460 aa
N
1
230
460
WS_DGAT_cat
WS_DGAT_C
C
PF03007 WS_DGAT_cat 67-251 aa PF06974 WS_DGAT_C 307-452 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782950.1 Pfam PF03007 WS_DGAT_cat Domain 67 251 9.4e-13 49.2 Wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase catalytic domain
XP_057782950.1 Pfam PF06974 WS_DGAT_C Domain 307 452 9.5e-43 146.4 WS/DGAT C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926967.1
TTTCAACCATTTTTATCATTAGTTCTGCTCTGAGTTCAATTCATTGTTTATAATCTAGAAGTTTTTGGCACATACGCTACACTAAGTGATACCATTGATTACGCTACGTCTCTACGTTGATGATTTCATTTTAGATATTTGTTGGTAATTGGTAATATTGATGAAAACGAAATTGATACTAGAAAATTAATGTATGATTTTGAGTTATATTAAAGTTCCAAGTTCTCCAAAATGAATTTTAGTATTTGTTCAAGAGACAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000847
ATGGCGGACATTGGGGACAGAGACCAACCGCTGACCCCGGCCGGCCGCCTCTTCCTGCAGCCGCAAATGAACCAGATCATTTCCGCCGTCCTCGCCGTCGAGTTCCCAATCGACATCGACACCTTCAGAGCCGAAGTCCAGAGCTCAATCATGTTCAAGCACCCTAGGTTTTGCAGCCTCATGGTGCGAGATTCCTCCGGCCGCGAACACTGGCGCCGAACCGCCGTCGACATCGACCAACACCTAATCGTCCGCCACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782950.1
MADIGDRDQPLTPAGRLFLQPQMNQIISAVLAVEFPIDIDTFRAEVQSSIMFKHPRFCSLMVRDSSGREHWRRTAVDIDQHLIVRHHPLSDDPSTSDEDAVHEFIADLAVSSPLPADKPLWEIHLLMAHKTMIFRVHHALGDGISLMSLLLSCCRRADDPTRLPSIGGVGAAASEQRRRLSVRALVMAVWYTLVYVVEFILRAAWWRDRITAVSGGSGAELWPRKLATARFRLDDMKTVKRAVANATVNDVLFGVITSGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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