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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001315

染色体: Chr08 坐标: 10504956-10511578 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001315
名称SmilChr08G001315
描述E3 ubiquitin-protein ligase MBR2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向10504956 - 10511578 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000828
GeneID131000828
locus_tag-
NCBI NameLOC131000828
原始查询SmilChr08G001315

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase MBR2-like
产物E3 ubiquitin-protein ligase MBR2-like
ArabidopsisAT4G34040 (MBR2)
RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829550]
identity=47; qcov=0.435; evalue=1.86e-68; confidence=low
RiceOs04g0648800 (OsHIP1)
-
identity=51.1; qcov=0.263; evalue=3.67e-48; confidence=weak
GOGO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG-
PfamPF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000828

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782912.1
2 PML body PML body 0.20000 XP_057782912.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057782912.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057782912.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057782912.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:10506434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr8:10506591 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B16,B53,C82,D11
Chr8:10506605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C49
Chr8:10507114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B16,B53,C82,D11
Chr8:10507135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,C85
Chr8:10507396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,C45,C80
Chr8:10507411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:10507438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C66
Chr8:10507462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B127
Chr8:10507533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B109,B120,B140,C41
Chr8:10507764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B100,B127,B80
Chr8:10507828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782912.1
709 aa
N
1
354
709
zf-rbx1
zf-C3HC4
zf-C3HC4_2
zf-RING_2
C
PF12678 zf-rbx1 655-703 aa PF00097 zf-C3HC4 662-702 aa PF13923 zf-C3HC4_2 662-702 aa PF13639 zf-RING_2 662-703 aa
XP_057782913.1
685 aa
N
1
342
685
zf-rbx1
zf-C3HC4
zf-C3HC4_2
zf-RING_2
C
PF12678 zf-rbx1 631-679 aa PF00097 zf-C3HC4 638-678 aa PF13923 zf-C3HC4_2 638-678 aa PF13639 zf-RING_2 638-679 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782912.1 Pfam PF12678 zf-rbx1 Domain 655 703 2.6e-08 34.7 RING-H2 zinc finger domain
XP_057782912.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 662 702 8.9e-06 26.2 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057782912.1 Pfam PF13923 zf-C3HC4_2 Domain 662 702 3.7e-06 27.4 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057782912.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 662 703 2e-11 44.7 Ring finger domain
XP_057782913.1 Pfam PF12678 zf-rbx1 Domain 631 679 2.5e-08 34.8 RING-H2 zinc finger domain
XP_057782913.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 638 678 8.4e-06 26.3 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057782913.1 Pfam PF13923 zf-C3HC4_2 Domain 638 678 3.5e-06 27.4 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057782913.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 638 679 1.9e-11 44.8 Ring finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093798.1
AATGATCCAAATAGAGATGCTCTTCTGCATCTTCACTCAACAATAGATTCCCAAACAAATTCGAATCTAGCGTTCCTTTTTCTTTCCCCTTCAGGAATCAGGATCCAGGACACAAATGTCAGACGCCCTCACTCATTTTACTACAGTGTTTGGTCTGAACTTGGTATCAAGGCCCGAGATTCCTAATATGGAAGGGCATACAAGTCGGAATGATTCCTTTCCTGAAACATTTGACTCAAACCAAGGGTCTCCTAACAGTT...
XM_057926929.1
AAAATGATCCAAATAGAGATGCTCTTCTGCATCTTCACTCAACAATAGATTCCCAAACAAATTCGAATCTAGCGTTCCTTTTTCTTTCCCCTTCAGGAATCAGGATCCAGGACACAAATGTCAGACGCCCTCACTCATTTTACTACAGTGTTTGGTCTGAACTTGGTATCAAGGCCCGAGATTCCTAATATGGAAGGGCATACAAGTCGGAATGATTCCTTTCCTGAAACATTTGACTCAAACCAAGGGTCTCCTAACAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000828
ATGTCAGACGCCCTCACTCATTTTACTACAGTGTTTGGTCTGAACTTGGTATCAAGGCCCGAGATTCCTAATATGGAAGGGCATACAAGTCGGAATGATTCCTTTCCTGAAACATTTGACTCAAACCAAGGGTCTCCTAACAGTTATGTGGATCGTTTGGCTTCTCTTGGTAACAGGCTCACTCCAGTTGAAAGTAGATCGTCAAATCACATGCTTGCCCTCCATGATGGAAGTATTAGACGCACAAGTACCCCTAGCAC...
LOC131000828
ATGGAAGGGCATACAAGTCGGAATGATTCCTTTCCTGAAACATTTGACTCAAACCAAGGGTCTCCTAACAGTTATGTGGATCGTTTGGCTTCTCTTGGTAACAGGCTCACTCCAGTTGAAAGTAGATCGTCAAATCACATGCTTGCCCTCCATGATGGAAGTATTAGACGCACAAGTACCCCTAGCACTCGTGTTCAGACAAGTAGAGTCTGGGACCGTGGCGAGTCCAGCTCTACTGGAAATAACCTGCAAGAACAAAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782912.1
MSDALTHFTTVFGLNLVSRPEIPNMEGHTSRNDSFPETFDSNQGSPNSYVDRLASLGNRLTPVESRSSNHMLALHDGSIRRTSTPSTRVQTSRVWDRGESSSTGNNLQEQTMDDDSKMKFAWYSSSVSDIGPEDGPPEPSTTISPSYVGNQVTDTFHPLTFRQNHRHFSENSHCPSGLGAGRSHTLYESGRAGTEEILVRYASSSNLGSSSFSSSPSIENNDVSGPSLGTWGSSCKRKALEGSSRHFNPGGSSNSNQPME...
XP_057782913.1
MEGHTSRNDSFPETFDSNQGSPNSYVDRLASLGNRLTPVESRSSNHMLALHDGSIRRTSTPSTRVQTSRVWDRGESSSTGNNLQEQTMDDDSKMKFAWYSSSVSDIGPEDGPPEPSTTISPSYVGNQVTDTFHPLTFRQNHRHFSENSHCPSGLGAGRSHTLYESGRAGTEEILVRYASSSNLGSSSFSSSPSIENNDVSGPSLGTWGSSCKRKALEGSSRHFNPGGSSNSNQPMENVVQHPVPGRCTASRNLTTSLSVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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