当前解析结果
SmilChr08G001323| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001323 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001323 |
| 描述 | cold-regulated protein 27-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 10588118 - 10590866 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000911 |
|---|---|
| GeneID | 131000911 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000911 |
| 原始查询 | SmilChr08G001323 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cold-regulated protein 27-like |
| 产物 | cold-regulated protein 27-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0009409 (response to cold); GO:0042752 (regulation of circadian rhythm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30692 (COR27) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000911 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057783038.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783038.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783038.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057783038.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057783038.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:10589789 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B118,C49,C82 |
Chr8:10590332 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783038.1PF30692
COR27 2-181 aa
XP_057783039.1PF30692
COR27 2-181 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783038.1 |
Pfam | PF30692 |
COR27 | Family | 2 | 181 | 1e-28 | 101.6 | Cold-regulated protein 27/28 family |
XP_057783039.1 |
Pfam | PF30692 |
COR27 | Family | 2 | 181 | 1e-28 | 101.6 | Cold-regulated protein 27/28 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。