当前解析结果
SmilChr08G001325| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001325 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001325 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G001325 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 10600939 - 10602553 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000906 |
|---|---|
| GeneID | 131000906 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000906 |
| 原始查询 | SmilChr08G001325 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0142200; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os01g0142200; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT4G34412 (AT4G34412)EKC/KEOPS complex subunit tprkb-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829592] identity=70.3; qcov=1.01; evalue=3.47e-83; confidence=high |
| Rice | Os01g0142200- identity=72.7; qcov=1.01; evalue=1.6e-87; confidence=high |
| GO | GO:0000408 (EKC/KEOPS complex); GO:0000722 (telomere maintenance via recombination); GO:0002949 (tRNA threonylcarbamoyladenosine modification); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08617 (CGI-121) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000906 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.80000 | XP_057783032.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057783030.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057783030.1 |
| 4 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057783030.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783030.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:10601045 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,C19,C82 |
Chr8:10601248 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr8:10601275 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr8:10602414 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783030.1PF08617
CGI-121 16-144 aa
XP_057783031.1PF08617
CGI-121 16-170 aa
XP_057783032.1PF08617
CGI-121 16-169 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783030.1 |
Pfam | PF08617 |
CGI-121 | Domain | 16 | 144 | 7.9e-35 | 120.9 | Kinase binding protein CGI-121 |
XP_057783031.1 |
Pfam | PF08617 |
CGI-121 | Domain | 16 | 170 | 5.5e-40 | 137.7 | Kinase binding protein CGI-121 |
XP_057783032.1 |
Pfam | PF08617 |
CGI-121 | Domain | 16 | 169 | 5.4e-42 | 144.2 | Kinase binding protein CGI-121 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。