当前解析结果
SmilChr08G001336| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001336 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001336 |
| 描述 | serine carboxypeptidase 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 10677423 - 10679650 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000844 |
|---|---|
| GeneID | 131000844 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000844 |
| 原始查询 | SmilChr08G001336 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine carboxypeptidase 1-like |
| 产物 | serine carboxypeptidase 1-like |
| Arabidopsis | AT4G30610 (BRS1)alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829184] identity=50.7; qcov=0.914; evalue=1.77e-149; confidence=high |
| Rice | Os07g0656900 (OsSCP40)- identity=56.1; qcov=0.916; evalue=9.69e-164; confidence=high |
| GO | GO:0004185 (serine-type carboxypeptidase activity); GO:0005773 (vacuole); GO:0006508 (proteolysis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00450 (Peptidase_S10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000844 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057782946.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057782946.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782946.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782946.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782946.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:10677669 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr8:10677899 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B14,B20,C26,C73 |
Chr8:10677950 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B67,B7,C33 |
Chr8:10678318 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B55,B74,B99,C2,C39 |
Chr8:10678422 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,D11 |
Chr8:10678855 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr8:10679150 |
GAC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B104 |
Chr8:10679150 |
GAC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:10679300 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr8:10679316 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,A5,B27,B80 |
Chr8:10679350 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,B27,B80 |
Chr8:10679357 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B134,C47,C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782946.1PF00450
Peptidase_S10 69-466 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782946.1 |
Pfam | PF00450 |
Peptidase_S10 | Domain | 69 | 466 | 6e-140 | 468.0 | Serine carboxypeptidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。