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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001337

染色体: Chr08 坐标: 10679695-10682713 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001337
名称SmilChr08G001337
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向10679695 - 10682713 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000827
GeneID131000827
locus_tag-
NCBI NameLOC131000827
原始查询SmilChr08G001337

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710
ArabidopsisAT5G39710 (EMB2745)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833967]
identity=60.3; qcov=0.949; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0152500
-
identity=47.5; qcov=0.79; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000827

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057782910.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782910.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782910.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782910.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782910.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:10680874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr8:10681785 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr8:10681859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr8:10682163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr8:10682206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782910.1
772 aa
N
1
386
772
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_3
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_long
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13041 PPR_2 192-239 aa PF13812 PPR_3 215-274 aa PF12854 PPR_1 222-255 aa PF01535 PPR 229-259 aa PF13041 PPR_2 230-272 aa PF12854 PPR_1 257-289 aa PF13812 PPR_3 261-306 aa PF13041 PPR_2 261-310 aa PF23276 TPR_24 262-309 aa PF01535 PPR 264-293 aa PF13812 PPR_3 285-344 aa PF12854 PPR_1 292-325 aa PF13041 PPR_2 296-345 aa PF01535 PPR 299-329 aa PF17177 PPR_long 314-429 aa PF12854 PPR_1 328-360 aa PF13041 PPR_2 331-380 aa PF01535 PPR 334-364 aa PF13812 PPR_3 356-406 aa PF12854 PPR_1 362-395 aa PF13041 PPR_2 366-415 aa PF01535 PPR 369-399 aa PF23276 TPR_24 370-460 aa PF13812 PPR_3 391-446 aa PF12854 PPR_1 397-429 aa PF01535 PPR 405-434 aa PF13041 PPR_2 406-449 aa PF17177 PPR_long 419-516 aa PF12854 PPR_1 432-464 aa PF13041 PPR_2 436-484 aa PF01535 PPR 439-469 aa PF13812 PPR_3 460-516 aa PF12854 PPR_1 467-500 aa PF13041 PPR_2 471-519 aa PF01535 PPR 474-504 aa PF12854 PPR_1 502-534 aa PF01535 PPR 509-539 aa PF13041 PPR_2 513-554 aa PF13812 PPR_3 530-586 aa PF12854 PPR_1 538-569 aa PF13041 PPR_2 544-589 aa PF01535 PPR 545-574 aa PF01535 PPR 579-603 aa PF01535 PPR 633-658 aa PF12854 PPR_1 658-690 aa PF13041 PPR_2 661-705 aa PF01535 PPR 665-691 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782910.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 192 239 7.8e-184 596.5 PPR repeat family
XP_057782910.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 215 274 2.8e-82 271.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057782910.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 222 255 3.2e-153 497.8 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 229 259 3.8e-113 362.9 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 230 272 7.8e-184 596.5 PPR repeat family
XP_057782910.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 257 289 3.2e-153 497.8 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 261 306 2.8e-82 271.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057782910.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 261 310 7.8e-184 596.5 PPR repeat family
XP_057782910.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 262 309 2.6e-42 144.6 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 264 293 3.8e-113 362.9 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 285 344 2.8e-82 271.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057782910.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 292 325 3.2e-153 497.8 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 296 345 7.8e-184 596.5 PPR repeat family
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 299 329 3.8e-113 362.9 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 314 429 1.7e-50 172.1 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057782910.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 328 360 3.2e-153 497.8 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 331 380 7.8e-184 596.5 PPR repeat family
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 334 364 3.8e-113 362.9 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 356 406 2.8e-82 271.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057782910.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 362 395 3.2e-153 497.8 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 366 415 7.8e-184 596.5 PPR repeat family
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 369 399 3.8e-113 362.9 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 370 460 2.6e-42 144.6 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057782910.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 391 446 2.8e-82 271.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057782910.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 397 429 3.2e-153 497.8 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 405 434 3.8e-113 362.9 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 406 449 7.8e-184 596.5 PPR repeat family
XP_057782910.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 419 516 1.7e-50 172.1 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057782910.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 432 464 3.2e-153 497.8 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 436 484 7.8e-184 596.5 PPR repeat family
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 439 469 3.8e-113 362.9 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 460 516 2.8e-82 271.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057782910.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 467 500 3.2e-153 497.8 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 471 519 7.8e-184 596.5 PPR repeat family
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 474 504 3.8e-113 362.9 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 502 534 3.2e-153 497.8 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 509 539 3.8e-113 362.9 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 513 554 7.8e-184 596.5 PPR repeat family
XP_057782910.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 530 586 2.8e-82 271.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057782910.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 538 569 3.2e-153 497.8 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 544 589 7.8e-184 596.5 PPR repeat family
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 545 574 3.8e-113 362.9 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 579 603 3.8e-113 362.9 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 633 658 3.8e-113 362.9 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 658 690 3.2e-153 497.8 PPR repeat
XP_057782910.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 661 705 7.8e-184 596.5 PPR repeat family
XP_057782910.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 665 691 3.8e-113 362.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926927.1
GAATTAAAAATTTCAAGTTTTGGGGCTAGATTTACGCATCCCTTAGTTGGTATATTTGTTGGACGGCGCCAAAACGACTTGTGATTTTGCTTTCGTCGGAGATGCCTCTCCCAAAATCTCTACACAGAGCGCTCCACGCCCTCACTTGCCAATCCAAAGCAGTCAATTCACTACATCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTTACTCCTCTCCGCCGGATACCTTCCTCGTTGACAATGCCATATCAATCCTCAAATACCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000827
ATGCCTCTCCCAAAATCTCTACACAGAGCGCTCCACGCCCTCACTTGCCAATCCAAAGCAGTCAATTCACTACATCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTTACTCCTCTCCGCCGGATACCTTCCTCGTTGACAATGCCATATCAATCCTCAAATACCACCATCCCTCACTCCTCAACCCCTTAATTCCCAAATTTACCCCTGCAGCCACCTCCTGTTTACTCCTCCAATCCCAAAACAACCAGACCCTAATCCTAAAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782910.1
MPLPKSLHRALHALTCQSKAVNSLHPPPPPPPPYSSPPDTFLVDNAISILKYHHPSLLNPLIPKFTPAATSCLLLQSQNNQTLILKFLTWARKFPFFSNQLQCLCLSIHILTRFKLYKTAQSLADEAALTFPPDERGDLVFSCLVDTYQVCNSSSAVIDLMVKALSNLKQIDRALNFVNLARSHGFMPSVLSYNSILEAIIRSKACGCVELAKTVYDDMIDKDVSPNVFTYNILIRGLCANKNIDRGLDFFEKMEKKGCL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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