Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001350`

染色体: Chr08 坐标: 10804170-10806715 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001350`
名称	SmilChr08G001350
描述	diphthamide biosynthesis protein 3-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	10804170 - 10806715 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000936`
GeneID	`131000936`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000936`
原始查询	`SmilChr08G001350`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	diphthamide biosynthesis protein 3-like
产物	diphthamide biosynthesis protein 3-like
Arabidopsis	`AT2G15910` (AT2G15910) CSL zinc finger domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816087] identity=82.7; qcov=1; evalue=1.47e-46; confidence=medium
Rice	`Os06g0661600` - identity=71.2; qcov=0.988; evalue=4.87e-38; confidence=medium
GO	GO:0002098 (tRNA wobble uridine modification); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0017183 (protein histidyl modification to diphthamide); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF05207 (Zn_ribbon_CSL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000936

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783077.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057783077.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057783077.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057783077.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783077.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:10805534`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B136,C17,C84
`Chr8:10805714`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B35,B94,C34,C61
`Chr8:10805720`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783077.1

81 aa

Zn_ribbon_CSL

PF05207 Zn_ribbon_CSL 4-58 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783077.1`	Pfam	`PF05207`	Zn_ribbon_CSL	Domain	4	58	3.1e-24	85.2	CSL zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093813.1
GCTTATTTGGGCATTAAAAAAGTTTGCATCGAGTAGGAGTGGAGTTTGAGTATGGAGTAATGAGGGGGGCGGTATGTTATTTTGGATCTAAATCTTAAAAGCAGCAGCGCATCTCTCTCGCTCTCTCCGGCAGCTGCACCAGTCCGGCCTTCACAGCAACAGCAAGCGCGATGTCGTACGACGACGTGGAGATCGAAGACATGGAGTGGAACCAAGAGCTTCAGGCCTTCACCTACCCTTGCCCCTGCGGCGATCTTTTC...

XR_009093812.1
GGGCATTAAAAAAGTTTGCATCGAGTAGGAGTGGAGTTTGAGTATGGAGTAATGAGGGGGGCGGTATGTTATTTTGGATCTAAATCTTAAAAGCAGCAGCGCATCTCTCTCGCTCTCTCCGGCAGCTGCACCAGTCCGGCCTTCACAGCAACAGCAAGCGCGTGAAGAGAAAACCCTAAATTCTCGCAGCGATGTCGTACGACGACGTGGAGATCGAAGACATGGAGTGGAACCAAGAGCTTCAGGCCTTCACCTACCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000936
ATGTCGTACGACGACGTGGAGATCGAAGACATGGAGTGGAACCAAGAGCTTCAGGCCTTCACCTACCCTTGCCCCTGCGGCGATCTTTTCCAGATCACAAAAGAGGACCTCCGACTCGGCGAGGAAATCGCTCGCTGCCCTAGCTGCTCGCTCTACATCACCGTAATCTACAACATGGAAGATTTTCAGGAGAAATCCAACAAAAAAGTCGAACCTCTGAAGCCGCAGCCCGTCGCCGTCGCTTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783077.1
MSYDDVEIEDMEWNQELQAFTYPCPCGDLFQITKEDLRLGEEIARCPSCSLYITVIYNMEDFQEKSNKKVEPLKPQPVAVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器