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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001375

染色体: Chr08 坐标: 10961412-10964417 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001375
名称SmilChr08G001375
描述polyol transporter 5-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向10961412 - 10964417 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000841
GeneID131000841
locus_tag-
NCBI NameLOC131000841
原始查询SmilChr08G001375

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述polyol transporter 5-like
产物polyol transporter 5-like
ArabidopsisAT3G18830 (PMT5)
polyol/monosaccharide transporter 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821416]
identity=69.6; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0582400
-
identity=68.8; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005351 (carbohydrate:proton symporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000841

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057782942.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057782942.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782942.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782942.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782942.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:10961949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B121,B79
Chr8:10962062 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,D6
Chr8:10963563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:10963657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr8:10963668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,B69,B95,C26
Chr8:10963678 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B130
Chr8:10963678 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B130
Chr8:10963748 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B6
Chr8:10963748 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 B6
Chr8:10963798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B31,B7,C56,C77,C9
Chr8:10963809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:10963812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B35,B8,B94,C28,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782942.1
507 aa
N
1
254
507
Sugar_tr
MFS_1
C
PF00083 Sugar_tr 26-485 aa PF07690 MFS_1 32-393 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782942.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 26 485 3.6e-108 363.1 Sugar (and other) transporter
XP_057782942.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 32 393 4.9e-26 92.2 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926959.1
TGAATTTTCTTAACCACATATAAAACACTTAACAGAGTAGCATTTTACATTTTTGTCCAGCGTCATGTGAGTAGACGAGATTTAGAAATAGACGTCCACCCCAACTTCACCATCGATTATCATCACGCACACGCACACTCTCTCTCTCTTTCTCCATCTATATATACACACTCCCCCAACTTCACCATATATCACTCATCTCAAATTCTCTCTCTTTATCCAACCTCATGGCCGACGCCAACGGTGTCGCCGCCTTCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000841
ATGGCCGACGCCAACGGTGTCGCCGCCTTCGACCCTCCTCCGAAACCCAAAAGAAACAAGTATGCTCTTGCTTGTTCTTTCTTGGCTTCCATGACCTCCATCTTACTCGGTTACGATATAGGAGTGATGAGCGGCGCAATACTCTACATTCAGAAAGACCTTGATATATCGGATAACCAAAAACAGGTGGTAATGGGCATTCTCAACGTCTACTCGCTCCTGGGATCCGCCGCCGCCGGCCGCACCTCCGACTGGATCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782942.1
MADANGVAAFDPPPKPKRNKYALACSFLASMTSILLGYDIGVMSGAILYIQKDLDISDNQKQVVMGILNVYSLLGSAAAGRTSDWIGRRYTIVFAGAIFFVGALLMGFATTYAFLMVGRFVAGVGVGYALMIAPVYTAEVSPAASRGFLTSFPEVFINFGILLGYVSNFGFSKLPQNLGWRFMLGVGAVPSVFIALGVLAMPESPRWLIMQGRLGDAKVVLDKTSDSPEESKLRLADIKEAAGIPQDCDDDIVAVSKKSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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