Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001383`

染色体: Chr08 坐标: 11029568-11030419 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001383`
名称	SmilChr08G001383
描述	dof zinc finger protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	11029568 - 11030419 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000923`
GeneID	`131000923`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000923`
原始查询	`SmilChr08G001383`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dof zinc finger protein 1-like
产物	dof zinc finger protein 1-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000923

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783054.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057783054.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783054.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783054.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783054.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:11029845`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr8:11029862`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:11029882`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,A3,B70,B78
`Chr8:11029930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr8:11029938`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B115
`Chr8:11029957`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B44,B69,B95,C26
`Chr8:11029996`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B104,B44,B69,B95,C26
`Chr8:11029996`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B104,B44,B69,B95,C26
`Chr8:11030006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr8:11030007`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135
`Chr8:11030016`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:11030018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,B94,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927071.1
CTTAAAGAAATTTCTTGAGGCATCAACCAGATTTTTGAGGCGGCGCGAACTTAGGGAGGTCATATTTCCAGTCTTCTTCAACCCATTTTCCGGCGATGGCACGAACCAAGGGCGGTCAGAGCGGTGAGATTTTTTATGAACGGTCATTGTTTTTCACCTGATATTTTTCGGAATTTCACGTATTTTCGTTCTTAAATAGTGAATAAATTATTTTGAGTTTTTCTGGGGGGGTTGATGGTTCAACGAAAAACCCTAATCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000923
ATGATCCACCTTCTCTCGCCGCTGCTGCCTCAACTCTCGTCGCTGGAGCTTCTCACGGGGCTGGCGTCCACGCCAAGGGGTTTGAGCTTCTTCATGCCGTCGCCGACGGATCCCTACTCGTCGTCGGGGTCGGGATTTCCAATGATAGAGTTCAAGTCGTCGTCTCTCAACTTCTTGCTGGATGGGGTCGGGACCGGTAGCAGCTATGGAAGCTTTCAGGGGGCTCCGGAAACGAATGGGAAGCTTTTGTTTCCGTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783054.1
MIHLLSPLLPQLSSLELLTGLASTPRGLSFFMPSPTDPYSSSGSGFPMIEFKSSSLNFLLDGVGTGSSYGSFQGAPETNGKLLFPFEDLKQQVSSNNGDQNRDDNDDSNGYLGEYMNYLREINEFIFVSSWWITFCCGPYECAIIQILVLI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器