Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001396`

染色体: Chr08 坐标: 11190769-11194095 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001396`
名称	SmilChr08G001396
描述	putative proline-rich receptor-like protein kinase PERK6
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	11190769 - 11194095 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000947`
GeneID	`131000947`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000947`
原始查询	`SmilChr08G001396`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative proline-rich receptor-like protein kinase PERK6
产物	putative proline-rich receptor-like protein kinase PERK6
Arabidopsis	`AT2G18470` (PERK4) roline-rich extensin-like receptor kinase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816362] identity=59.3; qcov=0.847; evalue=7.29e-178; confidence=high
Rice	`Os03g0226901` (OsCMT1) - identity=57.5; qcov=0.835; evalue=1.08e-172; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000947

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057783081.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783081.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783081.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783081.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783081.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:11191254`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B3,B63,B80,C57
`Chr8:11191256`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr8:11191752`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr8:11191969`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:11192107`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr8:11192981`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,B23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783081.1

594 aa

297

594

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 251-455 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 253-521 aa

XP_057783082.1

594 aa

297

594

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 251-455 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 253-521 aa

XP_057783083.1

589 aa

294

589

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 246-450 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 248-516 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783081.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	251	455	8.2e-44	150.7	Protein kinase domain
`XP_057783081.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	253	521	1.2e-48	166.4	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057783082.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	251	455	8.2e-44	150.7	Protein kinase domain
`XP_057783082.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	253	521	1.2e-48	166.4	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057783083.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	246	450	8.1e-44	150.7	Protein kinase domain
`XP_057783083.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	248	516	1.2e-48	166.4	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927099.1
GTTTACTAGTTTTCTTCGTTGAAAGCAGCATCTTTAGAGAATCATCTCTAGGTTATTGCACGGAAGCGGGGTAATCTCATGCGTATACTACAGGAAACGTCATCGGCGCCGTTGTCGGCGCCTTCTCCTCCGCCGCCGATCTCATCCTCGCCCCCTCCACCACCCACCGCGTCATCCCCGCCTCCACCCAATTGGAGTTCGCCTCCTCCGCCGTTGAGAAAAAGTCCCCCACCCAGCAACAACACCAAGCCTCGAGGGCC...

XM_057927098.1
TTCCCTTCCCTTCTCTCTCTTCACTCTCTCCGCCTCTCCACTTGTGTGGCTTCACTTCCAATTCCATGAATTAATGTCATTAATTATCTTAAAATTTTAAAGATTTCATGTTCAATACTATTATGTTTGACATAAGATTAATAACGTAACTCTTAATAGGTTATTGCACGGAAGCGGGGTAATCTCATGCGTATACTACAGGAAACGTCATCGGCGCCGTTGTCGGCGCCTTCTCCTCCGCCGCCGATCTCATCCTCGCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131000947
ATGCGTATACTACAGGAAACGTCATCGGCGCCGTTGTCGGCGCCTTCTCCTCCGCCGCCGATCTCATCCTCGCCCCCTCCACCACCCACCGCGTCATCCCCGCCTCCACCCAATTGGAGTTCGCCTCCTCCGCCGTTGAGAAAAAGTCCCCCACCCAGCAACAACACCAAGCCTCGAGGGCCGCCGCCGCCGCAGCTGCTGTCGCCTAGCGAATTAGATGAAGACTGGAGCGGCGGCCCTCCGCAAGCTCTAGCAGAATC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057783081.1
MRILQETSSAPLSAPSPPPPISSSPPPPPTASSPPPPNWSSPPPPLRKSPPPSNNTKPRGPPPPQLLSPSELDEDWSGGPPQALAESISFPWPPPSNKDREHAIIGSAVGVGMVILFFIICCICCCRKKKRKNRDDSKNYYQEKPHNSGIIYTGGNYYNNTSHRQRNWQNNAGYRTMDGNMKYPVPASSGVSSEQWMPAPPPPPPMLSAQSSGGFSGPPLPPPHPAMMWSGYNQSTFSYNDLAAATGGFAQANLLGQGGF...

XP_057783082.1
MRILQETSSAPLSAPSPPPPISSSPPPPPTASSPPPPNWSSPPPPLRKSPPPSNNTKPRGPPPPQLLSPSELDEDWSGGPPQALAESISFPWPPPSNKDREHAIIGSAVGVGMVILFFIICCICCCRKKKRKNRDDSKNYYQEKPHNSGIIYTGGNYYNNTSHRQRNWQNNAGYRTMDGNMKYPVPASSGVSSEQWMPAPPPPPPMLSAQSSGGFSGPPLPPPHPAMMWSGYNQSTFSYNDLAAATGGFAQANLLGQGGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器