Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001429`

染色体: Chr08 坐标: 11444817-11449454 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001429`
名称	SmilChr08G001429
描述	uncharacterized SmilChr08G001429
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	11444817 - 11449454 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000978`
GeneID	`131000978`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000978`
原始查询	`SmilChr08G001429`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816133]; symbol=AT2G16365; hit=AT2G16365; species=arabidopsis; confidence=low
产物	F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816133]; symbol=AT2G16365; hit=AT2G16365; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G16365` (AT2G16365) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816133] identity=29.1; qcov=0.592; evalue=1.76e-12; confidence=low
Rice	`-` -
GO	GO:0010099 (regulation of photomorphogenesis)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000978

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783113.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057783113.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783113.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783113.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783113.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:11445223`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	64	A13,A16,A20,A25,A4,A7,B106,B107,B110,B115,B12,B121,B133,B137,B14,B19,B20,B25,B27,B3,B38,B39,B5,B50,B51,B54,B57,B61,B66,B67,B69,B75,B76,B83,B86,B89,B9,B91,B98,C15,C24,C25,C29,C34,C35,C45,C47,C5,C50,C51,C64,C66,C7,C70,C74,C75,C76,C78,C79,C80,D3,D5,D6,D7
`Chr8:11445228`	`A`	`ACT`	2bp_insertion	frameshift_variant	64	A13,A16,A20,A25,A4,A7,B106,B107,B110,B115,B12,B121,B133,B137,B14,B19,B20,B25,B27,B3,B38,B39,B5,B50,B51,B54,B57,B61,B66,B67,B69,B75,B76,B83,B86,B89,B9,B91,B98,C15,C24,C25,C29,C34,C35,C45,C47,C5,C50,C51,C64,C66,C7,C70,C74,C75,C76,C78,C79,C80,D3,D5,D6,D7
`Chr8:11445264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B31,C56,C77,C9
`Chr8:11445416`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B22
`Chr8:11447540`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr8:11447869`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B15,B2,C15,C52
`Chr8:11447906`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr8:11447951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr8:11448253`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C14
`Chr8:11448428`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B22
`Chr8:11448533`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927131.1
TGGGGACTGTCGGCTTGGTAATAATAAGCATAAAGCAAAAATACAAAAGCCAATAAGCTTGGCTCCAATTTTGTTCTCCTTTTTCAACCTTCCCTCTCTCTCTCTAAAGAGAAGAATTTTCTGTGTCTCCTGCACCTACACTACTACTACTTCACCACATATTCACCGACCCTCAGAGCCACACAATTTGCTTTATTGGTTGTTGCTGTTTGTACTTTTTTTTTTTAATCACCAGGTCCAACACTGTTTCTCAGTTCGAT...

XM_057927130.1
GCAAAAATACAAAAGCCAATAAGCTTGGCTCCAATTTTGTTCTCCTTTTTCAACCTTCCCTCTCTCTCTCTAAAGAGAAGAATTTTCTGTGTCTCCTGCACCTACACTACTACTACTTCACCACATATTCACCGACCCTCAGAGCCACACAATTTGCTTTATTGGTTGTTGCTGTTTGTACTTTTTTTTTTTAATCACCAGGTCCAACACTGTTTCTCAGTTCGATTTCTGTCTATTACTCTACTCTTTCTTCAACTACA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131000978
ATGTCTAAACAAGCGATGCAGTCGACAAATGATAGCACGAGGAAGAGTAGGGAAAGTGTGCAATCTTATCAGCCTCTTTGGATGGCTCATTGGATGAGGATAACCAGTAGTGCAACAGCAAATCAAAGACAAGATGAGGGTGCTTGTGGGGATAAGGATATTGACCTTGTGCTTAGGGATGATCATATGAAAATGGAGGCTTCTAGGTCTGCCAAAGATCCTCGAAAAATAGAGGGTGATACTGAAAGTTGTAGAATGAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057783113.1
MSKQAMQSTNDSTRKSRESVQSYQPLWMAHWMRITSSATANQRQDEGACGDKDIDLVLRDDHMKMEASRSAKDPRKIEGDTESCRMSSKGLGADELCRAKMKNGQCPDEIHARRSIIDHNLGSGEGINCKGGIQLSSGVLAAEESSSRGYHFFSEGTSKKPANERSYLASIPSQERFVTHIVPYHDLERYKFDKGKGKAVMCPSISRPSIVPNTQVPEIGQEHCQKHSPPADIIWDNYHQLKSGQGWLQRMQKCSHSTSL...

XP_057783114.1
MSKQAMQSTNDSTRKSRESVQSYQPLWMAHWMRITSSATANQRQDEGACGDKDIDLVLRDDHMKMEASRSAKDPRKIEGDTESCRMSSKGLGADELCRAKMKNGQCPDEIHARRSIIDHNLGSGEGINCKGGIQLSSGVLAAEESSSRGYHFFSEGTSKKPANERSYLASIPSQERFVTHIVPYHDLERYKFDKGKGKAVMCPSISRPSIVPNTQVPEIGQEHCQKHSPPADIIWDNYHQLKSGQGWLQRMQKCSHSTSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器