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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001430

染色体: Chr08 坐标: 11456315-11461192 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001430
名称SmilChr08G001430
描述adoMet-dependent rRNA methyltransferase spb1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向11456315 - 11461192 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000979
GeneID131000979
locus_tag-
NCBI NameLOC131000979
原始查询SmilChr08G001430

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述adoMet-dependent rRNA methyltransferase spb1
产物adoMet-dependent rRNA methyltransferase spb1
ArabidopsisAT4G25730 (AT4G25730)
FtsJ-like methyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828678]
identity=61.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0567400
-
identity=58; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000463 (maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0000466 (maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0005634 (nucleus); GO:0005730 (nucleolus); GO:0008650 (rRNA (uridine-2'-O-ribose)-methyltransferase activity); GO:0016435 (rRNA (guanine) methyltransferase activity); GO:0030687 (preribosome, large subunit precursor); GO:0031167 (rRNA methylation)
KEGG-
PfamPF01728 (FtsJ); PF07780 (Spb1_C); PF11861 (DUF3381)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783115.1
2 Nucleolus 核仁 1.00000 XP_057783115.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783115.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783115.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783115.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:11456562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr8:11456571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B59,B74,D1,D3
Chr8:11456580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C21,C63,C71,C81
Chr8:11457372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B22
Chr8:11457457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr8:11457618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B22
Chr8:11458048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B2,C15,C52
Chr8:11458406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr8:11459400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr8:11460018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,D11
Chr8:11460070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr8:11460234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783115.1
821 aa
N
1
410
821
FtsJ
DUF3381
Spb1_C
C
PF01728 FtsJ 22-201 aa PF11861 DUF3381 234-381 aa PF07780 Spb1_C 593-787 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783115.1 Pfam PF01728 FtsJ Family 22 201 1.8e-50 172.1 FtsJ-like methyltransferase
XP_057783115.1 Pfam PF11861 DUF3381 Domain 234 381 1.5e-43 149.2 Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, DUF3381
XP_057783115.1 Pfam PF07780 Spb1_C Domain 593 787 2e-62 211.3 Spb1 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927132.1
TAAAAAACCCAAAGAGAAGAGAAGAGAGGAGAGGAGCAGATTGATTGATTTTGGGAGAGATGGGGAAAGTGAAGGGAAAGCATAGGTTGGACAAATACTACCACTTCGCCAAGGAACACGGCTACAGATCGCGTGCGGCTTGGAAACTCGTTCAGCTCGACTCCAAATTCCGCTTCCTCAACTCCTCCCGCTCCGTCCTCGATCTCTGCGCCGCCCCGGGAGGATGGATGCAGGTCTGCGTCGAGCGCGTCCCCGTCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000979
ATGGGGAAAGTGAAGGGAAAGCATAGGTTGGACAAATACTACCACTTCGCCAAGGAACACGGCTACAGATCGCGTGCGGCTTGGAAACTCGTTCAGCTCGACTCCAAATTCCGCTTCCTCAACTCCTCCCGCTCCGTCCTCGATCTCTGCGCCGCCCCGGGAGGATGGATGCAGGTCTGCGTCGAGCGCGTCCCCGTCGGCAGCCTCGTTGTCGGCGTCGATCTCGATCCCATTCGCCCTGTACGTGGCGCTGTCTCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783115.1
MGKVKGKHRLDKYYHFAKEHGYRSRAAWKLVQLDSKFRFLNSSRSVLDLCAAPGGWMQVCVERVPVGSLVVGVDLDPIRPVRGAVSLQEDITDPKCRAAVKRVMAENACSAFDLVLHDGSPNVGGAWAKEATSQNALVIDSVKLATELLAPKGNFVTKVFRSQDYTAVLYCLRQLFEKVEVDKPAASRSASAEIYVLGLKYKAPSKIDPRLLDFKHLFQGGKEPPKVVDVLRGTKQKRHRDGYEDGDTTLRKLSTASQFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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