Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001433`

染色体: Chr08 坐标: 11474909-11476572 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001433`
名称	SmilChr08G001433
描述	protein RADIALIS-like 4
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	11474909 - 11476572 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000983`
GeneID	`131000983`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000983`
原始查询	`SmilChr08G001433`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein RADIALIS-like 4
产物	protein RADIALIS-like 4
Arabidopsis	`AT1G75250` (RL6) RAD-like 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843862] identity=57; qcov=1.04; evalue=5.21e-33; confidence=medium
Rice	`Os01g0635200` - identity=61; qcov=0.802; evalue=2.83e-31; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity)
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding); PF23082 (Myb_DNA-binding_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000983

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783119.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783119.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783119.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783119.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057783119.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783119.1

96 aa

Myb_DNA-binding_2

Myb_DNA-binding

PF23082 Myb_DNA-binding_2 13-56 aa PF00249 Myb_DNA-binding 13-57 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783119.1`	Pfam	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	Domain	13	56	1.1e-09	39.0	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057783119.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	13	57	7.3e-09	36.3	Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927136.1
TGTGGTGGGTGTCTTTGTTTTATGCATATATGCTTAGTCCCCCAACCCCAACTATATATAGCCGCCAATCCATGCACAAATCCTTTATCCTATCAAACTAATTAATAGGTGCAGCTTTAATTTGTAAGAAATGGCGTCAACTTCACTGAGTTCGCGTAGGCCCGCTTCATGGACCGTGCAAGAGAACAAACTGTTTGAGAAAGCGCTCGCCCGGTTCGACCGGGACACGCCCGACCGGTGGCAGAACGTCGCGAGGGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000983
ATGGCGTCAACTTCACTGAGTTCGCGTAGGCCCGCTTCATGGACCGTGCAAGAGAACAAACTGTTTGAGAAAGCGCTCGCCCGGTTCGACCGGGACACGCCCGACCGGTGGCAGAACGTCGCGAGGGCCGTCGGCGGCGGAAAGTCGGCGGAGGAAGTCAAGATGCACTACGACATTCTCATTGAGGATCTCCGCCGAATTGAGTCCGGCCACGTGCCTATTCCCAACTACAGCAACACTACTACTACTGCTGAAGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783119.1
MASTSLSSRRPASWTVQENKLFEKALARFDRDTPDRWQNVARAVGGGKSAEEVKMHYDILIEDLRRIESGHVPIPNYSNTTTTAEEEKRLLKYLKM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器