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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001458

染色体: Chr08 坐标: 11748743-11749744 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001458
名称SmilChr08G001458
描述uncharacterized SmilChr08G001458
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向11748743 - 11749744 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998078
GeneID130998078
locus_tag-
NCBI NameLOC130998078
原始查询SmilChr08G001458

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G47680 (AT3G47680)
DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]
identity=27.2; qcov=0.392; evalue=1.76e-06; confidence=low
RiceOs08g0225900
-
identity=29.3; qcov=0.834; evalue=1.93e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998078

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779494.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779494.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779494.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779494.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779494.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:11748746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B137,B8,C7
Chr8:11748758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr8:11748759 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 28 A14,A16,A20,B102,B120,B127,B133,B135,B25,B28,B3,B35,B38,B59,B77,B79,B85,B97,C12,C30,C36,C40,C58,C59,C61,C84,D1,D9
Chr8:11748772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C19
Chr8:11748774 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B7,C69
Chr8:11748774 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 B7,C69
Chr8:11748783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B73,C3,C37
Chr8:11748787 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B54,C41
Chr8:11748821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B4,B66,C12,C43
Chr8:11748831 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 7 B132,B28,B38,B39,B95,B98,C84
Chr8:11748842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B59,B89,C47
Chr8:11748845 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 45 A11,A18,A22,A3,B105,B110,B111,B115,B118,B122,B123,B124,B125,B132,B134,B135,B138,B14,B140,B17,B27,B35,B50,B58,B65,B70,B86,B90,B92,C11,C12,C17,C22,C38,C39,C41,C45,C50,C6,C62,C80,C81,C9,D5,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923511.1
ATGGATCCACACAATCCAAATTACTATGACCTAAATTGGTGCCCCGATCTATCCGACGAATATCATCCCGATTTATCGGGGTGTAACTTGGGGGATGCTCCTCAGTCCGGCGAGGAGATGCCTTCGGCAGCCCATAGTGTCGCCAAACCGAAGAAAGGCAGCCGGAGGAAAGAAGTCGCCCACAAGATCCGGCATGACAGGCAGGCGCCGGTGGCGGAGGAGGAGGTGGCGGAGGCTGACGGAGGAAAGACTATCCGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998078
ATGGATCCACACAATCCAAATTACTATGACCTAAATTGGTGCCCCGATCTATCCGACGAATATCATCCCGATTTATCGGGGTGTAACTTGGGGGATGCTCCTCAGTCCGGCGAGGAGATGCCTTCGGCAGCCCATAGTGTCGCCAAACCGAAGAAAGGCAGCCGGAGGAAAGAAGTCGCCCACAAGATCCGGCATGACAGGCAGGCGCCGGTGGCGGAGGAGGAGGTGGCGGAGGCTGACGGAGGAAAGACTATCCGTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779494.1
MDPHNPNYYDLNWCPDLSDEYHPDLSGCNLGDAPQSGEEMPSAAHSVAKPKKGSRRKEVAHKIRHDRQAPVAEEEVAEADGGKTIRHTYTPEETDITVQIWMEETNDAIRGKNQKGYDYWKRIVARVNPIIGANLKHRQIQGHWTRVAQEMRLWESIWVEARSRWPSGHSDDMLRDKAQTLFKSRSANNASFNYWNAWRTLRNNHKTKTTEEGAFTTSASGEEISSARPIGNAAARAAKAKGKGKAAASSEQPSEYKEAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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