Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001459`

染色体: Chr08 坐标: 11752300-11753948 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001459`
名称	SmilChr08G001459
描述	proline-rich protein 4-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	11752300 - 11753948 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001007`
GeneID	`131001007`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001007`
原始查询	`SmilChr08G001459`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	proline-rich protein 4-like
产物	proline-rich protein 4-like
Arabidopsis	`AT2G21140` (PRP2) proline-rich protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816649] identity=37.8; qcov=0.784; evalue=7.24e-28; confidence=medium
Rice	`Os03g0245200` - identity=31.5; qcov=0.55; evalue=6.74e-19; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001007

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057783151.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057783151.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783151.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783151.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783151.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:11752708`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	A22,B41,B50,C53,C86,D4
`Chr8:11752755`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,B70
`Chr8:11752855`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,C21,C36
`Chr8:11752926`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	B16,B56,B96,C44,C54,C59,C6,C84,D4
`Chr8:11753187`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B19,B30,C28,C66
`Chr8:11753211`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B67,B7,C33
`Chr8:11753211`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B67,B7,C33
`Chr8:11753229`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:11753394`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B2
`Chr8:11753394`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B2
`Chr8:11753460`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr8:11753503`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927168.1
ATCAATCAACTCAATATATTAGTGAGTAGCGAAATCTTTTGTGTTTATAAATATTCATATTTAATTAGCAGATTAATTATTCCAATGAGGGTTCATTCCCTTATTTTAGGTTTTGTGTTGCTGTGTTTGCTCAGCTTCTGCAATGCAGACCTCAAAACATTTGATATTGTGGGAGTTGCACATTGCGCTGATTGCCAACTAAACAACTTCAACCCTACCCACGCATTTTCAGGTCTTCATGTAACAATCGACTGTAAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001007
ATGAGGGTTCATTCCCTTATTTTAGGTTTTGTGTTGCTGTGTTTGCTCAGCTTCTGCAATGCAGACCTCAAAACATTTGATATTGTGGGAGTTGCACATTGCGCTGATTGCCAACTAAACAACTTCAACCCTACCCACGCATTTTCAGGTCTTCATGTAACAATCGACTGTAAGCTGGAGAAAGAGATGAAAAGAGTCGGCGAGGGCGAGCTAGACGGTGACGGCAAATTCAAAATCTCACTTCCCAAAGCAATGATCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783151.1
MRVHSLILGFVLLCLLSFCNADLKTFDIVGVAHCADCQLNNFNPTHAFSGLHVTIDCKLEKEMKRVGEGELDGDGKFKISLPKAMIGDVKKNCYAQLHSAAAAPCPAHGGLEATEIVLKSEMEEKITFSPAKTLRFSTALCTSKFLWPLFQYPPLPKADPWKKVWPKITIPPLKKHHWSLSPIYKPKPKPKPKVVKTLPPVPTYKPKPKPFPPPVPIYKPKPKSKPFLPPVPIYKPKPKPKPLPPPVPVYKPKPKLKPFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器