当前解析结果
SmilChr08G001480| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001480 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001480 |
| 描述 | protein EIN6 ENHANCER-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 11933923 - 11936534 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001029 |
|---|---|
| GeneID | 131001029 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001029 |
| 原始查询 | SmilChr08G001480 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein EIN6 ENHANCER-like |
| 产物 | protein EIN6 ENHANCER-like |
| Arabidopsis | AT4G38495 (AT4G38495)chromatin-remodeling complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830006] identity=62.1; qcov=1.01; evalue=1.55e-55; confidence=high |
| Rice | Os04g0274400- identity=66.1; qcov=1.01; evalue=1.08e-55; confidence=high |
| GO | GO:0006338 (chromatin remodeling); GO:0031011 (Ino80 complex) |
| KEGG | smil03082 (ATP-dependent chromatin remodeling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF08265 (YL1_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001029 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057783181.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057783181.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057783181.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783181.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783181.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:11934651 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C41 |
Chr8:11934651 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C41 |
Chr8:11934711 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,C28,C66 |
Chr8:11934723 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,A14,B2,B55,D10 |
Chr8:11936286 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A25,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783181.1PF08265
YL1_C 73-101 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783181.1 |
Pfam | PF08265 |
YL1_C | Domain | 73 | 101 | 2.3e-16 | 59.9 | YL1 nuclear protein C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。