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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001486

染色体: Chr08 坐标: 11963684-11969303 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001486
名称SmilChr08G001486
描述translocase of chloroplast 120, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向11963684 - 11969303 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001033
GeneID131001033
locus_tag-
NCBI NameLOC131001033
原始查询SmilChr08G001486

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述translocase of chloroplast 120, chloroplastic
产物translocase of chloroplast 120%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G16620 (TOC120)
translocon outer complex protein 120 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820913]
identity=72.2; qcov=0.593; evalue=0; confidence=medium
RiceOs10g0548800 (OSJNBa0082M15.3)
-
identity=66.1; qcov=0.564; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0009707 (chloroplast outer membrane); GO:0045036 (protein targeting to chloroplast)
KEGG-
PfamPF01926 (MMR_HSR1); PF04548 (AIG1); PF11886 (TOC159_MAD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001033

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057783186.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057783186.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057783186.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057783186.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783186.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:11964656 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr8:11964938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B19,B30,C28,C64,C66
Chr8:11965394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:11966251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:11967252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr8:11967310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:11967756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C85
Chr8:11967917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C85
Chr8:11967963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B61
Chr8:11968224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr8:11968301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:11968420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783186.1
1370 aa
N
1
685
1370
AIG1
MMR_HSR1
TOC159_MAD
C
PF04548 AIG1 738-893 aa PF01926 MMR_HSR1 740-827 aa PF11886 TOC159_MAD 1098-1361 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783186.1 Pfam PF04548 AIG1 Domain 738 893 2.6e-23 83.2 AIG1 family
XP_057783186.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 740 827 1.3e-08 35.7 50S ribosome-binding GTPase
XP_057783186.1 Pfam PF11886 TOC159_MAD Family 1098 1361 1.9e-113 378.6 Translocase of chloroplast 159/132, membrane anchor domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093844.1
ATACAACGTCTGTACACTATTTCAGCTTTATAAATTTTGACGACTCCCAGCGGAAAAAGTTCCTTTCTTCTTCGTCTTCTCTTCTTCTTCGATCCCTAACCAAACCTCATTTCTCTCTCTCCACGCCCCCTCTTTCTCCTCTCACTCCACTTTCCCTCTATCTCCTCTCCCCATTCGTCTTGCCTGTGAATCCAGGCTTTTGTGGGTTATTCTGTGATGGAAAATGGCATTGGCATTGCAGAGGATGCCAAGCTAGACGA...
XR_009093845.1
ACTATTTCAGCTTTATAAATTTTGACGACTCCCAGCGGAAAAAGTTCCTTTCTTCTTCGTCTTCTCTTCTTCTTCGATCCCTAACCAAACCTCATTTCTCTCTCTCCACGCCCCCTCTTTCTCCTCTCACTCCACTTTCCCTCTATCTCCTCTCCCCATTCGTCTTGCCTGGCTTTTGTGGGTTATTCTGTGATGGAAAATGGCATTGGCATTGCAGAGGATGCCAAGCTAGACGATAGGAATGCCAAAAACAATGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001033
ATGGAAAATGGCATTGGCATTGCAGAGGATGCCAAGCTAGACGATAGGAATGCCAAAAACAATGATGAACCAGAGCCCAATGTAAAGGAACATGTCCACTCGAAGTTGGATGGATCAAACTGCTCTCATGATGAAGAAGTATTTGAGGAGGCCGTTGAGGCCAAAACCCCGATCAATGGTCCTGGAGATAAGCTAATTGCTGAAGGGGAAAATTCTGAATCAATTAGAACTTTGGAAAGAAATCCAGATGAATTTTATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783186.1
MENGIGIAEDAKLDDRNAKNNDEPEPNVKEHVHSKLDGSNCSHDEEVFEEAVEAKTPINGPGDKLIAEGENSESIRTLERNPDEFYETVGTPIVMGSDDPGVKPDIVMNEENHDDKEIATEKVVRDESNGLVDEIITKENGHDVVDGDYKEIGELAAVASEPENLDDKNEKLEKSNKEFEDDQSYKKMSFLEALTSGDTKVADMDNTEKLIPENPETSESNKLIRAEADPEKLEVKKSPATITETHDDGKVGGDAAYINR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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