当前解析结果
SmilChr08G001487| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001487 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001487 |
| 描述 | auxin transporter-like protein 5 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 11978428 - 11982248 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001036 |
|---|---|
| GeneID | 131001036 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001036 |
| 原始查询 | SmilChr08G001487 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin transporter-like protein 5 |
| 产物 | auxin transporter-like protein 5 |
| Arabidopsis | AT2G21050 (LAX2)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816640] identity=84.6; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0244600 (OsLAX2)- identity=83.5; qcov=0.935; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane) |
| KEGG | smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01490 (Aa_trans) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001036 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057783191.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783191.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783191.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783191.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057783191.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:11978685 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B103,B61 |
Chr8:11978803 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B2,B52,B99,C87 |
Chr8:11978812 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,C34,D8 |
Chr8:11979083 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B2,B52,B99,C87 |
Chr8:11979107 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:11979152 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr8:11979173 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B108,B35,C34,D8 |
Chr8:11979402 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,B71 |
Chr8:11979545 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B4,C36,C38,C55 |
Chr8:11980867 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C31,C85 |
Chr8:11981281 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B22,C82 |
Chr8:11981478 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,C21,C36 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783191.1PF01490
Aa_trans 38-431 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783191.1 |
Pfam | PF01490 |
Aa_trans | Domain | 38 | 431 | 4.1e-79 | 266.9 | Transmembrane amino acid transporter protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。