当前解析结果
SmilChr08G001497| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001497 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001497 |
| 描述 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK1 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 12138432 - 12139547 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998082 |
|---|---|
| GeneID | 130998082 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998082 |
| 原始查询 | SmilChr08G001497 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK1 |
| 产物 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK1 |
| Arabidopsis | AT5G24080 (AT5G24080)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832473] identity=32.2; qcov=0.871; evalue=9.25e-29; confidence=low |
| Rice | Os04g0475200- identity=40.5; qcov=1.02; evalue=5.62e-73; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01453 (B_lectin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998082 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell wall | 细胞壁 | 0.80000 | XP_057779498.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057779498.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057779498.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057779498.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779498.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:12138492 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B112,B76,B88,C22,C59 |
Chr8:12138575 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B26,C34,C77 |
Chr8:12138575 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B26,C34,C77 |
Chr8:12138672 |
A |
ACG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B135,B65,C58,C76 |
Chr8:12138672 |
A |
ACG |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | B135,B65,C58,C76 |
Chr8:12138787 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr8:12138877 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B133,B76,C10 |
Chr8:12138877 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B133,B76,C10 |
Chr8:12138910 |
GTC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 8 | A5,B1,B123,B34,B56,B80,B96,C37 |
Chr8:12138936 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D11 |
Chr8:12138936 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:12139045 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B53,B68,B70 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779498.1PF01453
B_lectin 79-167 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779498.1 |
Pfam | PF01453 |
B_lectin | Repeat | 79 | 167 | 5.2e-23 | 82.2 | D-mannose binding lectin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。