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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001504

染色体: Chr08 坐标: 12190031-12192103 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001504
名称SmilChr08G001504
描述uncharacterized SmilChr08G001504
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向12190031 - 12192103 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001052
GeneID131001052
locus_tag-
NCBI NameLOC131001052
原始查询SmilChr08G001504

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0482100; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0482100; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G11560 (AT3G11560)
LETM1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820329]
identity=25; qcov=1; evalue=1.8e-07; confidence=low
RiceOs08g0482100
-
identity=36.7; qcov=1; evalue=5.86e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001052

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057783207.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057783209.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057783209.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057783207.1
5 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057783210.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:12190773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B65,C58,C76
Chr8:12190883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr8:12191307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927224.1
ACTGGTATAGAGTTTGCTAAACATTTTAGGTCGCATATTGGTCCAATTGAAGGCCTTGCGGTGAGTTTCACTTTGTGTCATGCTTTATTAAGACTTTTATTATCAGGTGGTTTTACATCATTTTAGTTCTGCTAATTCTTGTGATGCATCCTTCTGTTTTTTTTCCTTCTCCGTCTCGAACTTACTTTGTAGTTTGTACAAGTAACAACTGTAACATTAACAATTTCGAGGTATAACTCTAATTTGCACACCTTACTGGA...
XM_057927225.1
ATAGAGTTTGCTAAACATTTTAGGTCGCATATTGGTCCAATTGAAGGCCTTGCGGTGAGTTTCACTTTGTGTCATGCTTTATTAAGACTTTTATTATCAGGTGGTTTTACATCATTTTAGTTCTGCTAATTCTTGTGATGCATCCTTCTGTTTTTTTTCCTTCTCCGTCTCGAACTTACTTTGTAGTTTGTACAAGTAACAACTGTAACATTAACAATTTCGAGGTATAACTCTAATTTGCACACCTTACTGGAACGATT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131001052
ATGGGTTCACTGAGAACTTTTATGACCATGGCAAGCGATTTAGTTTCTTTTGACAAACTGCACAGCTTGGCAACTGAGGCTGGGTTCGAGGAGGATTTCCTGTCTCATTTCGGAAGTAGAGTTCTCCCGAGTAAGAATAGTGAAGACAGAGAATTTTGGATTGGATTGGTTCATAGAAAACTATCTGTAGCACTAGAAAGAGAGAGTGTTATCAAGGGCAGACACGATCTTTCCAACAAGGTTGAAGAGCAAACTTTGGC...
LOC131001052
ATGGGTTCACTGAGAACTTTTATGACCATGGCAAGCGATTTAGTTTCTTTTGACAAACTGCACAGCTTGGCAACTGAGGCTGGGTTCGAGGAGGATTTCCTGTCTCATTTCGGAAGTAGAGTTCTCCCGAGTAAGAATAGTGAAGACAGAGAATTTTGGATTGGATTGGTTCATAGAAAACTATCTGTAGCACTAGAAAGAGAGAGTGTTATCAAGGGCAGACACGATCTTTCCAACAAGGTTGAAGAGCAAACTTTGGC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057783207.1
MGSLRTFMTMASDLVSFDKLHSLATEAGFEEDFLSHFGSRVLPSKNSEDREFWIGLVHRKLSVALERESVIKGRHDLSNKVEEQTLATLALFAYLGRESRLFLSRHNIKDTDEQIKDFMSLSALDGGGSTYLLRTTASFSKKGGDL
XP_057783208.1
MGSLRTFMTMASDLVSFDKLHSLATEAGFEEDFLSHFGSRVLPSKNSEDREFWIGLVHRKLSVALERESVIKGRHDLSNKVEEQTLATLALFAYLGRESRLFLSRHNIKDTDEQIKDFMSLSALDGGGSTYLLRTTASFSKKGGDL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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