Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001507`

染色体: Chr08 坐标: 12209256-12219177 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001507`
名称	SmilChr08G001507
描述	E3 ubiquitin-protein ligase UPL3
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	12209256 - 12219177 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001053`
GeneID	`131001053`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001053`
原始查询	`SmilChr08G001507`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase UPL3
产物	E3 ubiquitin-protein ligase UPL3
Arabidopsis	`AT4G38600` (KAK) HECT ubiquitin protein ligase family protein KAK [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830017] identity=72.9; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0101700` - identity=70.1; qcov=0.391; evalue=0; confidence=low
GO	GO:0000209 (protein polyubiquitination); GO:0005515 (protein binding); GO:0043161 (proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00632 (HECT); PF25579 (TPR_TRIP12_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001053

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783213.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057783213.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057783213.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783213.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783213.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:12209819`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B114,B128,C59,C64
`Chr8:12209871`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:12209873`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C49
`Chr8:12210396`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C49
`Chr8:12211297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B125,B76,C61
`Chr8:12211411`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr8:12212019`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr8:12212863`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,D1
`Chr8:12212926`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B35,C51,C61,C82
`Chr8:12213022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr8:12213266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr8:12213473`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783213.1

1864 aa

932

1864

TPR_TRIP12_N

HECT

PF25579 TPR_TRIP12_N 175-307 aa PF00632 HECT 1556-1864 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783213.1`	Pfam	`PF25579`	TPR_TRIP12_N	Repeat	175	307	3.7e-46	158.6	E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12-like, TPR repeats
`XP_057783213.1`	Pfam	`PF00632`	HECT	Domain	1556	1864	8.7e-78	262.7	HECT-domain (ubiquitin-transferase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927230.1
CTAATTTACTAATTTAATAAAGCCATTTGATTAGGGTTTGCTTATTTTGTTTTTCCTATTTATATTTGCATCTCAATTTTTTATAATCTTCGCTCGTCTTGTTTCCCCTCCCCTCTCTCTCCAACATCCGCTCTCTTTTAATTTTGCCGTCCAATTTCTTATCGGTGAAGACATCTGTGTCAATCGGGGATGAATCAGTGAGTGCTTCTTATTGAAATTGGGTTTTCGATCCAGCTCAATTGGCCAAGATTCGATCTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001053
ATGGAAACTCGGAGCCGGAAGCGGGCGGAGGCATCCACCTCAGCAGCGTTATCGGGCCCAAGTACTCGCGCCACCAAACGCTCTCGCCTCTCTGCCACGTCCGGTCCTCTCACATCCGCCACGAATACCACCCATCCGATCTCCACTCGCTCTCGCACCGCCACTCGATCAACTGCCATGGACCCCAACCAAGAACCCTCAACCGCCTCTGCGTCCACCACCCGCAGCCGACGCGGAAAAAACCCTAGTGCTAATCAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783213.1
METRSRKRAEASTSAALSGPSTRATKRSRLSATSGPLTSATNTTHPISTRSRTATRSTAMDPNQEPSTASASTTRSRRGKNPSANQNWDNSNNKDNTNSDKGKEKESEHRHRETERSLGLNIDSHDGDDDDNDSEGGVGILHQNLTSASSALQGLLRKLGAGLDDLLPSSAMGSASSSHQSGRLKKILSGLRADGEEGRQVEALTQLCDMLSIGTEESLSTFSVDSFVPVLVGLLNHESNPDIMLFAARALTHLVDVLPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器