Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001514

染色体: Chr08 坐标: 12291054-12291623 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001514
名称SmilChr08G001514
描述uncharacterized SmilChr08G001514
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向12291054 - 12291623 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001059
GeneID131001059
locus_tag-
NCBI NameLOC131001059
原始查询SmilChr08G001514

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG-
PfamPF02902 (Peptidase_C48)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001059

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783220.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057783220.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057783220.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783220.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783220.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783220.1
149 aa
N
1
74
149
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 75-144 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783220.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 75 144 2.6e-05 24.9 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927237.1
GCGATTGGATGAATGCCACAACGCTCATTTTGCCTATACATGTGTGTGGACGTTACATTACATGCCGAGTGGATTTGCTGAGTGGAGTTTGCGACATCTTCGATTCGCAGTTGTTCAAGACCATGCCGCAGCCGCGCTTCGATGTGATCGCCGCCCTATATCCGCTGCAGTGCCTGTTGGGTAAGATGCTTGAAGTGTCCCAGTGGTTCGCAAGGACCACGATTGTCGACAACCCGTTGGAAAACCTCCAATGGCGAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001059
ATGAATGCCACAACGCTCATTTTGCCTATACATGTGTGTGGACGTTACATTACATGCCGAGTGGATTTGCTGAGTGGAGTTTGCGACATCTTCGATTCGCAGTTGTTCAAGACCATGCCGCAGCCGCGCTTCGATGTGATCGCCGCCCTATATCCGCTGCAGTGCCTGTTGGGTAAGATGCTTGAAGTGTCCCAGTGGTTCGCAAGGACCACGATTGTCGACAACCCGTTGGAAAACCTCCAATGGCGAAGGTTGAAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783220.1
MNATTLILPIHVCGRYITCRVDLLSGVCDIFDSQLFKTMPQPRFDVIAALYPLQCLLGKMLEVSQWFARTTIVDNPLENLQWRRLKIQYADENEQFQQPDQCSSGVFACMYVERLISGSPSLAWGNGHAADYRRKIGSSIYEFCIPAPK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器