当前解析结果
SmilChr08G001534| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001534 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001534 |
| 描述 | preprotein translocase subunit SECE1 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 12472944 - 12473858 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001080 |
|---|---|
| GeneID | 131001080 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001080 |
| 原始查询 | SmilChr08G001534 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | preprotein translocase subunit SECE1 |
| 产物 | preprotein translocase subunit SECE1 |
| Arabidopsis | AT4G14870 (SECE1)secE/sec61-gamma protein transport protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827144] identity=45.5; qcov=1.15; evalue=1.99e-36; confidence=medium |
| Rice | Os04g0306750- identity=71.4; qcov=0.366; evalue=2.05e-23; confidence=low |
| GO | GO:0006605 (protein targeting); GO:0008320 (transmembrane protein transporter activity); GO:0009306 (protein secretion); GO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00584 (SecE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001080 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057783255.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057783255.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 1.00000 | XP_057783255.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783255.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783255.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:12473239 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:12473278 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr8:12473422 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr8:12473522 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B112 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783255.1PF00584
SecE 90-139 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783255.1 |
Pfam | PF00584 |
SecE | Family | 90 | 139 | 2.1e-05 | 25.1 | SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。