Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001540`

染色体: Chr08 坐标: 12560335-12563859 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001540`
名称	SmilChr08G001540
描述	bet1-like SNARE 1-2
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	12560335 - 12563859 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001085`
GeneID	`131001085`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001085`
原始查询	`SmilChr08G001540`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	bet1-like SNARE 1-2
产物	bet1-like SNARE 1-2
Arabidopsis	`AT4G14455` (ATBET12) Target SNARE coiled-coil domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827091] identity=62.5; qcov=0.966; evalue=8.63e-48; confidence=medium
Rice	`Os08g0563300` - identity=63.5; qcov=0.897; evalue=4.33e-45; confidence=medium
GO	-
KEGG	smil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF30871 (Sft1-BET1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001085

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057783270.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.40000	`XP_057783270.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057783271.1`
4	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057783271.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783270.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783270.1

133 aa

133

Sft1-BET1

PF30871 Sft1-BET1 40-99 aa

XP_057783271.1

116 aa

116

Sft1-BET1

PF30871 Sft1-BET1 23-82 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783270.1`	Pfam	`PF30871`	Sft1-BET1	Family	40	99	2.7e-08	34.4	Sft1/BET1 SNARE domain
`XP_057783271.1`	Pfam	`PF30871`	Sft1-BET1	Family	23	82	2.1e-08	34.7	Sft1/BET1 SNARE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927287.1
CATGATTCTAGAATAAACAGCTAAATGTGAATCAGAGGATTGTCGATTTCACTGCTAAAAGTTTCATTAGATCTGCAAATTCCGCCCAATTTCTCCATTCGTCGCTTTCACGCCGCCTGATTTGCTGTTATTAAATCCAGTTATCATGAGTTACAGGAGGGATCATAGAGGCTCGAGGTCTGCACTTTTTGATAACATGGACACCCTTGAAGCGGGTGGACTCAGGACATCTTCATCATATTCAAGTGGCATGGATGATC...

XM_057927288.1
ATTCTAGAATAAACAGCTAAATGTGAATCAGAGGATTGTCGATTTCACTGCTAAAAGTTTCATTAGATCTGCAAATTCCGCCCAATTTCTCCATTCGTCGCTTTCACGCCGCCTGATTTGCTGTTATTAAATCCAGTTATCATGAGTTACAGGAGAAAAGAGTGAATCTTTGTTAATGGACTGTTCCTGATCTCGAAATCATTAAACCATGCATGATTGTTTAGCACCGACTGTAGTTCAGCTACCGTCGCTATCTATTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131001085
ATGAGTTACAGGAGGGATCATAGAGGCTCGAGGTCTGCACTTTTTGATAACATGGACACCCTTGAAGCGGGTGGACTCAGGACATCTTCATCATATTCAAGTGGCATGGATGATCATGACAATGAGAAAACTATGGATAGTTTGCACGATAGAGTCAGCTTTCTGAAACGATTGACGGGGGACATACATGAGGAGGTGGAGACTCACAATCGTATGCTAGACAGAATGGGTAATGAGATGGATGCATCAAGAGGAATTAT...

LOC131001085
ATGGACACCCTTGAAGCGGGTGGACTCAGGACATCTTCATCATATTCAAGTGGCATGGATGATCATGACAATGAGAAAACTATGGATAGTTTGCACGATAGAGTCAGCTTTCTGAAACGATTGACGGGGGACATACATGAGGAGGTGGAGACTCACAATCGTATGCTAGACAGAATGGGTAATGAGATGGATGCATCAAGAGGAATTATGTCGGGAACAATGGATCGTTTCAAAATGGTGTTTGAAAAGAAATCAAATAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057783270.1
MSYRRDHRGSRSALFDNMDTLEAGGLRTSSSYSSGMDDHDNEKTMDSLHDRVSFLKRLTGDIHEEVETHNRMLDRMGNEMDASRGIMSGTMDRFKMVFEKKSNKRICKLAGYFVISFFALYYGIRILLYYLYG

XP_057783271.1
MDTLEAGGLRTSSSYSSGMDDHDNEKTMDSLHDRVSFLKRLTGDIHEEVETHNRMLDRMGNEMDASRGIMSGTMDRFKMVFEKKSNKRICKLAGYFVISFFALYYGIRILLYYLYG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器