Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001564`

染色体: Chr08 坐标: 12864559-12865721 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001564`
名称	SmilChr08G001564
描述	uncharacterized protein At5g64816
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	12864559 - 12865721 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001107`
GeneID	`131001107`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001107`
原始查询	`SmilChr08G001564`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	thionin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836604]; symbol=AT5G64816; hit=AT5G64816; species=arabidopsis; confidence=high
产物	thionin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836604]; symbol=AT5G64816; hit=AT5G64816; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G64816` (AT5G64816) thionin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836604] identity=83.3; qcov=0.976; evalue=2.84e-75; confidence=high
Rice	`Os03g0185600` (OsTHI26) - identity=80.5; qcov=1; evalue=1.74e-73; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001107

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.80000	`XP_057783313.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.40000	`XP_057783313.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.20000	`XP_057783313.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783313.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783313.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:12864810`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B15,B56,B96,C15
`Chr8:12864839`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B63,B94,C31
`Chr8:12864867`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,C12,D4
`Chr8:12864882`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:12864955`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,D3
`Chr8:12865028`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B41,B99,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927330.1
TTTTTTTAATTAATATTAAGCGCAACATTTTTCATGACACTGTAATGCTACAGTTCAGGTGTTTCAATTCCTCCCACCGTCCACCGCCGGCTACCGCTGCGAGATAGGGTTCTGGTGAAGAGATCGGGAAGACTTGCCACGTACGGCCTCGTATTCTAGTAATGGTGGAGGTATGGTGGACACTGGTGGGTGCAGCTATTCCTGTTTTGGTTGGTGGTCAAGCTTTGAGAGTGAAGGCGAGGCATGCCGAGGAGCAACGG...

XM_057927332.1
ATTAATATTAAGCGCAACATTTTTCATGACACTGTAATGCTACAGTTCAGGTGTTTCAATTCCTCCCACCGTCCACCGCCGGCTACCGCTGCGAGATAGGGTTCTGGTGAAGAGATCGGGAAGACTTGCCACGTACGGCCTCGTATTCTAGAAAGTTATAGCAGTAATGGTGGAGGTATGGTGGACACTGGTGGGTGCAGCTATTCCTGTTTTGGTTGGTGGTCAAGCTTTGAGAGTGAAGGCGAGGCATGCCGAGGAGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131001107
ATGGTGGAGGTATGGTGGACACTGGTGGGTGCAGCTATTCCTGTTTTGGTTGGTGGTCAAGCTTTGAGAGTGAAGGCGAGGCATGCCGAGGAGCAACGGATGAAAAGTGGTCGGGGCAGGGAGAAGAGCGCGGACGACATCTTTGTGTGTGAGAGGGTTTGCACATCGAAGAGAATGCTGAAGAAAGTCGGGGCCTTCTCCAAGGATCCGATCCCAGACACATGTGTCACGGTGTGTGGAGTTTCAGAAGTTGATGCTTG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057783313.1
MVEVWWTLVGAAIPVLVGGQALRVKARHAEEQRMKSGRGREKSADDIFVCERVCTSKRMLKKVGAFSKDPIPDTCVTVCGVSEVDACADACARTVCVNQHQVPNWNDVCLRRCQNECLKLSAS

XP_057783314.1
MVEVWWTLVGAAIPVLVGGQALRVKARHAEEQRMKSGRGREKSADDIFVCERVCTSKRMLKKVGAFSKDPIPDTCVTVCGVSEVDACADACARTVCVNQHQVPNWNDVCLRRCQNECLKLSAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器