Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001567`

染色体: Chr08 坐标: 12885092-12887381 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001567`
名称	SmilChr08G001567
描述	uncharacterized SmilChr08G001567
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	12885092 - 12887381 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001110`
GeneID	`131001110`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001110`
原始查询	`SmilChr08G001567`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AT3G22970; symbol=AT3G22970; hit=AT3G22970; species=arabidopsis; confidence=high
产物	AT3G22970; symbol=AT3G22970; hit=AT3G22970; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G22970` (AT3G22970) - identity=52.9; qcov=1.03; evalue=5.5e-122; confidence=high
Rice	`Os03g0796600` - identity=48.4; qcov=0.735; evalue=1.01e-81; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04720 (PDDEXK_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001110

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783321.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057783321.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783321.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783321.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783321.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:12885372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,B8
`Chr8:12885568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,C61
`Chr8:12885573`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B89,C36,C45,D8
`Chr8:12885593`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	46	A1,A19,A23,A24,A7,A9,B10,B112,B119,B127,B128,B129,B136,B17,B18,B22,B32,B34,B38,B49,B50,B60,B61,B63,B64,B72,B8,B90,B92,C1,C13,C22,C25,C27,C33,C39,C4,C49,C5,C54,C6,C61,C65,C79,C80,D8
`Chr8:12885607`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C11,C78,D1
`Chr8:12885608`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B4,B97
`Chr8:12885608`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,B97
`Chr8:12885635`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C29,C63,C67
`Chr8:12885636`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B131,B85
`Chr8:12885639`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr8:12885645`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B12,B35,B55
`Chr8:12885692`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B85,B99,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783321.1

388 aa

194

388

PDDEXK_6

PF04720 PDDEXK_6 70-290 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783321.1`	Pfam	`PF04720`	PDDEXK_6	Family	70	290	2.9e-75	253.7	PDDEXK-like family of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927338.1
AGTGGATAATTCAAGCAAATATCAAAAAGCAAAAAATGTAACGCTCGTCGCATACGACCGTAGCCCCGAAGCTCTGTATAGTTCACGAGTGGAAAGATACCACGTGGCGCACTGGGCCCAACCTATACATCTCTGCTTCACTATATAAAATCCTCGCCCACTCATTTCTTAGCACACATAAAAAGAAGAGAGAAAATCAATCCAATTGAAAAAACAGACACCCACAAACACAAATACACTCAACGAGTAACATCTCTTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001110
ATGCCTTTTCCGATGAGAATCCTGCCGATCGATGCGATCCGGCAGGACGTCGTCAAGCCACCGGTGTTGAAATCGCGGCTGAAGCGGCTTTTCGACCGTCCGTTCAACAGTGTTCTGAGGAATTCATCAGCTGATAAGCAGGCAGCCGGAGGAGAGAAGGACGGTGGCGTGGCGCCGGAATTCGAACCAAGCTCCGTCTGTTTGGATAAAATGGTTCAGAATTTCATCGAAGACAACAGCGAGAAGCAATCGTTCACCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783321.1
MPFPMRILPIDAIRQDVVKPPVLKSRLKRLFDRPFNSVLRNSSADKQAAGGEKDGGVAPEFEPSSVCLDKMVQNFIEDNSEKQSFTSAVKCGRHRCNCFNGKSNDSSDDEFDFFSDSLAVNSSFTDPCDSLKSLIPCASVAERNLLADTSRIVEKNNKTCKRNDELRKVVTDCLIALGYNASVCKSKWEKTSSVPAGEHEYIDVITEGGERLIIDVDFRSEFEIARSTSGYKSILQCLPSIFVGKSERLLQIISIASEAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器