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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001568

染色体: Chr08 坐标: 12894563-12895170 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001568
名称SmilChr08G001568
描述uncharacterized SmilChr08G001568
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向12894563 - 12895170 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998093
GeneID130998093
locus_tag-
NCBI NameLOC130998093
原始查询SmilChr08G001568

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G24255 (AT3G24255)
RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013]
identity=33.1; qcov=0.872; evalue=1.06e-22; confidence=low
RiceOs03g0643433
-
identity=34; qcov=0.866; evalue=5.12e-27; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998093

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779509.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057779509.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057779509.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779509.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779509.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:12894647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,D4
Chr8:12894677 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C75
Chr8:12894677 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C75
Chr8:12894738 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 19 B132,B27,B33,B42,B43,B49,B5,B65,B71,B93,B98,C42,C43,C44,C53,C56,C68,C74,C80
Chr8:12894769 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B53
Chr8:12894769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:12894819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr8:12894834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr8:12894838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,C57,C58,C66
Chr8:12894952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr8:12894954 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B29,B34
Chr8:12894954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923526.1
ATGGAGAGCGTAAAAAAACTCTTGATTCTCTTCCAGTTCGCCTCGGGTTTAGCTGTAAATTTCGACAAAAGCTGTCTTCTGACAGTGGGAGTGGATGAGGCAGTTGAGAGGAGATGGGCATCGCTCCTCATGTGCAAGATCGGTTCCTTTCCGTGCAACTACTTGGGTACTAAAGTGGGGGGGCGCAACAATGGTGTTGGAGATTGGAAGTTTTTGATTGAAAAAGTTTCAAACAAAGTGGCAAGCTGGAAGAAGAGACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998093
ATGGAGAGCGTAAAAAAACTCTTGATTCTCTTCCAGTTCGCCTCGGGTTTAGCTGTAAATTTCGACAAAAGCTGTCTTCTGACAGTGGGAGTGGATGAGGCAGTTGAGAGGAGATGGGCATCGCTCCTCATGTGCAAGATCGGTTCCTTTCCGTGCAACTACTTGGGTACTAAAGTGGGGGGGCGCAACAATGGTGTTGGAGATTGGAAGTTTTTGATTGAAAAAGTTTCAAACAAAGTGGCAAGCTGGAAGAAGAGACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779509.1
MESVKKLLILFQFASGLAVNFDKSCLLTVGVDEAVERRWASLLMCKIGSFPCNYLGTKVGGRNNGVGDWKFLIEKVSNKVASWKKRHLSLAGRITLVKSVLQSIPVYQLSLAFIPKAVIKELNSLFSKFLWGGGTQTGGITWFKWNALCLNKDSGGLGFRNIDWGWESSVGKGDQIDLWGASVGGRG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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