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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001580

染色体: Chr08 坐标: 13041748-13043942 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001580
名称SmilChr08G001580
描述protein LIFEGUARD 4-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向13041748 - 13043942 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001126
GeneID131001126
locus_tag-
NCBI NameLOC131001126
原始查询SmilChr08G001580

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LIFEGUARD 4-like
产物protein LIFEGUARD 4-like
ArabidopsisAT1G03070 (AT1G03070)
Bax inhibitor-1 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839581]
identity=50.6; qcov=0.979; evalue=7.92e-76; confidence=high
RiceOs03g0795600 (OSJNBb0021G19.11)
-
identity=51.8; qcov=0.908; evalue=5.88e-73; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF01027 (Bax1-I)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001126

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 1.00000 XP_057783356.1
2 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.60000 XP_057783356.1
3 Vesicle 囊泡 0.60000 XP_057783356.1
4 Endosome 内体 0.60000 XP_057783356.1
5 Endosome membrane 内体膜 0.60000 XP_057783356.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:13043483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,C72,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783356.1
240 aa
N
1
120
240
Bax1-I
C
PF01027 Bax1-I 30-238 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783356.1 Pfam PF01027 Bax1-I Domain 30 238 6.9e-46 157.4 Inhibitor of apoptosis-promoting Bax1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927373.1
ATCTTCCCCACAAATCCGCATCCGATATAAACACCGAGAAAGAGAGACAAAAATTTGATCAACCCTCGACACATTGTAATTTCTTCAGAGAAAAGGTAATCAATTCTTGAAAAGAAAGGATTTAGCGGTTGATGAGAGAGAATGGCATTCTTTTCAAATAAAAACAATGTGGATCTGGAGAAGGGAAACGGGCAGCTGTACCCGGGCATGCAAGAGAACCCTCAGCTGCGATGGGGATTCATCCGTAAAGTTTATTCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001126
ATGGCATTCTTTTCAAATAAAAACAATGTGGATCTGGAGAAGGGAAACGGGCAGCTGTACCCGGGCATGCAAGAGAACCCTCAGCTGCGATGGGGATTCATCCGTAAAGTTTATTCCATACTCTGCGTGCAGTTGCTCATCACCTTTGGGATTGCCATTGCCATGACTCTTATTCAACCTGTTCGTCATTTCCTCCGCACGCCCGCCGGCCTCTACACCATGATCGCCGCCATCATTCTTACCGTTATACTGTGCTTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783356.1
MAFFSNKNNVDLEKGNGQLYPGMQENPQLRWGFIRKVYSILCVQLLITFGIAIAMTLIQPVRHFLRTPAGLYTMIAAIILTVILCLMMSCLSQKHPWNYILLFLFTFAMAFMVGACSSQRKGDAVLMAAGLTLLVTVGLTAFTFAAAKRGADFSFMGPFLFCAILLLMAFGIIRIIFPLGRIGEQVIGCVGALVFSGFIIYDTDNLIKRFNYDQYIDAACCLYMDIVNLFLYILAIFGDD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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