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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001648

染色体: Chr08 坐标: 13694057-13696768 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001648
名称SmilChr08G001648
描述uncharacterized SmilChr08G001648
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向13694057 - 13696768 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001191
GeneID131001191
locus_tag-
NCBI NameLOC131001191
原始查询SmilChr08G001648

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述WD repeat and SOF domain-containing protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828962]; symbol=AT4G28450; hit=AT4G28450; species=arabidopsis; confidence=low
产物WD repeat and SOF domain-containing protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828962]; symbol=AT4G28450; hit=AT4G28450; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G28450 (AT4G28450)
WD repeat and SOF domain-containing protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828962]
identity=65.2; qcov=0.582; evalue=3.57e-15; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0000462 (maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0005515 (protein binding); GO:0005730 (nucleolus); GO:0032040 (small-subunit processome)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001191

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057783486.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057783488.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057783486.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783486.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783486.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:13695010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr8:13695122 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 5 B39,B77,C48,C68,C73
Chr8:13695122 C CA 1bp_insertion CDS_variant 5 B39,B77,C48,C68,C73
Chr8:13695188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B39,C38,C68,C73,C80
Chr8:13695356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C51
Chr8:13696122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093879.1
TACCGGTTTCTTTTATGTGGTGTCGTTGTTACATACTACACCGGTTTTAATTAAAATCAACCACACCGGTTAAAAACCGGTTTTATATTATAATTTAAAAAAAAAAATTAAACATGAAAATACAAAACAAATAAGAAAAAACTATATGAATTAAACATTAGTTTTCTTCTTGGTGCCCTAGCGTAACTCCATCAGCCCTCGCCATCCTTCCTGCGCCGCCCTATCCAGCGCCTCGCCTCTCTCCCCCGCCGACCTCCCTG...
XR_009093880.1
ATGTGGTGTCGTTGTTACATACTACACCGGTTTTAATTAAAATCAACCACACCGGTTAAAAACCGGTTTTATATTATAATTTAAAAAAAAAAATTAAACATGAAAATACAAAACAAATAAGAAAAAACTATATGAATTAAACATTAGTTTTCTTCTTGGTGCCCTAGCGTAACTCCATCAGCCCTCGCCATCCTTCCTGCGCCGCCCTATCCAGCGCCTCGCCTCTCTCCCCCGCCGACCTCCCTGCGCCGCCCCGCCCT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131001191
ATGCTGGCCTCTAAATCATCTGCTTTTGCAAATGTAGATTGCAATTGCTATAGTTATGATGTTCGAAAAATGAATGAGGCGAGATGTGTGCATAGAGATCATGTTTCTGCAGTAATGGATATTGATTATTCACCAACTGGCCGTGAGTTTGGAACTGGATCTTATGATAGAACTGGTCTTTTGTGTGAAGTTCAGGAAGGCCAAAGCGTCCGAGCAACTGGAGAGAAAGAGATAGGAGAAAGAACATTAAGGCATTATAT...
LOC131001191
ATGCTGGCCTCTAAATCATCTGCTTTTGCAAATGTAGATTGCAATTGCTATAGTTATGATGTTCGAAAAATGAATGAGGCGAGATGTGTGCATAGAGATCATGTTTCTGCAGTAATGGATATTGATTATTCACCAACTGGCCGTGAGTTTGGAACTGGATCTTATGATAGAACTGGTCTTTTGTGTGAAGTTCAGGAAGGCCAAAGCGTCCGAGCAACTGGAGAGAAAGAGATAGGAGAAAGAACATTAAGGCATTATAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057783486.1
MLASKSSAFANVDCNCYSYDVRKMNEARCVHRDHVSAVMDIDYSPTGREFGTGSYDRTGLLCEVQEGQSVRATGEKEIGERTLRHYIEWWFGSKGKKEKVKA
XP_057783487.1
MLASKSSAFANVDCNCYSYDVRKMNEARCVHRDHVSAVMDIDYSPTGREFGTGSYDRTGLLCEVQEGQSVRATGEKEIGERTLRHYIEWWFGSKGKKEKVKA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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