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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001665

染色体: Chr08 坐标: 13869525-13872147 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001665
名称SmilChr08G001665
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向13869525 - 13872147 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001208
GeneID131001208
locus_tag-
NCBI NameLOC131001208
原始查询SmilChr08G001665

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330
ArabidopsisAT3G23330 (AT3G23330)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821914]
identity=45.6; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0578800
-
identity=53.9; qcov=0.611; evalue=2.07e-151; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001208

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057783508.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057783508.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783508.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783508.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783508.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:13869657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr8:13869664 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr8:13870027 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B80
Chr8:13870090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr8:13870093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr8:13870358 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C39,C64,C66,D7
Chr8:13870418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr8:13870444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr8:13870777 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B64
Chr8:13870843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,C19
Chr8:13870969 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B80
Chr8:13871087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783508.1
646 aa
N
1
323
646
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
PPR
C
PF01535 PPR 73-101 aa PF13041 PPR_2 262-308 aa PF01535 PPR 265-292 aa PF13041 PPR_2 364-410 aa PF13812 PPR_3 364-411 aa PF01535 PPR 366-396 aa PF01535 PPR 439-462 aa PF13812 PPR_3 465-509 aa PF13041 PPR_2 465-512 aa PF01535 PPR 467-497 aa PF01535 PPR 503-529 aa PF01535 PPR 542-564 aa PF20431 E_motif 582-644 aa PF01535 PPR 606-634 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783508.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 73 101 1.5e-49 163.6 PPR repeat
XP_057783508.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 262 308 4.8e-47 158.6 PPR repeat family
XP_057783508.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 265 292 1.5e-49 163.6 PPR repeat
XP_057783508.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 364 410 4.8e-47 158.6 PPR repeat family
XP_057783508.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 364 411 2.6e-22 79.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057783508.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 366 396 1.5e-49 163.6 PPR repeat
XP_057783508.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 439 462 1.5e-49 163.6 PPR repeat
XP_057783508.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 465 509 2.6e-22 79.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057783508.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 465 512 4.8e-47 158.6 PPR repeat family
XP_057783508.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 467 497 1.5e-49 163.6 PPR repeat
XP_057783508.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 503 529 1.5e-49 163.6 PPR repeat
XP_057783508.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 542 564 1.5e-49 163.6 PPR repeat
XP_057783508.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 582 644 2.3e-18 66.9 E motif
XP_057783508.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 606 634 1.5e-49 163.6 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927525.1
ACATCTATAAATAGGAGAATGCATGACACTATTTGTAATAAGGAAATCAGCTAGGACTGAAAACATGGCATCCAATTCAGTCAGTTGTCTGAAGTGGGTGTGATTTTTCTTTGGTTAAAAATCCGATGAAAACCGCCGTCGGAACCATTTTGGGCAACCCTTCCGTCATCAAAAGCAGCTCCCAAGCGAAACAGCTCCATGCCCAAGTCGTCAAACGTCAAGGAAATGCCATTCTTTTTGCTAAATCCGCTGCTATCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001208
ATGAAAACCGCCGTCGGAACCATTTTGGGCAACCCTTCCGTCATCAAAAGCAGCTCCCAAGCGAAACAGCTCCATGCCCAAGTCGTCAAACGTCAAGGAAATGCCATTCTTTTTGCTAAATCCGCTGCTATCATTCTCTCGGTTTACGCCAACTTCAACCTCTTACGAGACTGCCTCTCTCTCTTCAACACTTTCCGCTATCCGCCGCCGAGTAAGGCGTGGAAATCAATCATCAGATGCTGCGCTTCCAACGGAAATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783508.1
MKTAVGTILGNPSVIKSSSQAKQLHAQVVKRQGNAILFAKSAAIILSVYANFNLLRDCLSLFNTFRYPPPSKAWKSIIRCCASNGNFQESIAFFKKMRAAGKFPDRNVFPSLLKTCAHLGDLRFGEAVHGCVIRVGLDSDLFTGNALMSMYVKLEPLNARNVFDGCSEPKGSFEFYNSLNRTVSSARYMQDCKGMFGGTDEKLDSSNENASNELMIVDQNVIFNDNVRSNVDCGDEEIVVVDSVLERRKNSVGKVFETMP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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