当前解析结果
SmilChr08G001680| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001680 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001680 |
| 描述 | protein unc-13 homolog |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 14028981 - 14032824 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001221 |
|---|---|
| GeneID | 131001221 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001221 |
| 原始查询 | SmilChr08G001680 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein unc-13 homolog |
| 产物 | protein unc-13 homolog |
| Arabidopsis | AT2G33420 (AT2G33420)- identity=60.9; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0138600 (OsSTA89)- identity=51; qcov=0.868; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF25761 (TPR_PATROL1); PF27629 (UNC13_3rd) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001221 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057783530.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057783530.1 |
| 3 | Clathrin-coated vesicle | Clathrin-coated vesicle | 0.40000 | XP_057783530.1 |
| 4 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057783530.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783530.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:14029430 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A11 |
Chr8:14029430 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A11 |
Chr8:14029448 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,C64 |
Chr8:14029592 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D11 |
Chr8:14029649 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B47,C23 |
Chr8:14029724 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B23,C11,C69 |
Chr8:14029811 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr8:14029938 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 10 | B136,B28,B67,B97,C22,C34,C48,C81,C83,D6 |
Chr8:14030003 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,B6 |
Chr8:14030824 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
Chr8:14030875 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,B36 |
Chr8:14030894 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,B8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783530.1PF27629
UNC13_3rd 352-453 aa
PF25761
TPR_PATROL1 616-1022 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783530.1 |
Pfam | PF27629 |
UNC13_3rd | Domain | 352 | 453 | 1.1e-27 | 97.3 | UNC13 third domain |
XP_057783530.1 |
Pfam | PF25761 |
TPR_PATROL1 | Repeat | 616 | 1022 | 1.2e-166 | 555.4 | PATROL1-like, TPR repeats |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。