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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001687

染色体: Chr08 坐标: 14091887-14092844 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001687
名称SmilChr08G001687
描述protein PROTON GRADIENT REGULATION 5, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向14091887 - 14092844 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001232
GeneID131001232
locus_tag-
NCBI NameLOC131001232
原始查询SmilChr08G001687

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PROTON GRADIENT REGULATION 5, chloroplastic
产物protein PROTON GRADIENT REGULATION 5%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G05620 (PGR5)
proton gradient regulation 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815111]
identity=61.9; qcov=1.17; evalue=2.39e-47; confidence=medium
RiceOs08g0566600 (OsPGR5)
-
identity=87.9; qcov=0.574; evalue=2.27e-34; confidence=medium
GOGO:0009055 (electron transfer activity); GO:0009507 (chloroplast); GO:0009644 (response to high light intensity); GO:0009773 (photosynthetic electron transport in photosystem I)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057783540.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057783540.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057783540.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783540.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783540.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:14092585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927557.1
GACCAGTAAAATTGAAGACAAAGATCCCCAGTTGGCTGGGGAACGGGAACCGTACAGAAAATCCTAATTCAGCTGAAAAAGAGAAATAAAAAGAAAAATAAAAAAAGAAAATCCAAGCCCACCAGATTTGTGTGGCTCTCAGCGCGCCTCCTCATCTCAAAATTTTCTGAACCAAACTCCGCAGGTTCACACGAAAAAGCCTCAAATATTTATAAGACAGAAATCATTAAAAAAGTAACGAAAAATCTCCAACACAAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001232
ATGGCTGCTACCTCAGTTTCTGCTTCTGCTTTTCTTGGGAGCTGGGGCACCTGTGACGACCACGCCATGCTGCAGGCCAAGGTGGCCGCGCCGCCACAACTCAGGGTGGCAGTTAGGCCGCGGCCCATGATGGGGAGTGGAAAGGGCGGCATCTTTGCTCCGGCCGTCGTCATCACAAGAAACATCATTGGAAAGAAGAGATTCAACCAGCTTCGAGGCAAGGCCATTGCTCTTCACTCACAGGTGATAACGGAGTTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783540.1
MAATSVSASAFLGSWGTCDDHAMLQAKVAAPPQLRVAVRPRPMMGSGKGGIFAPAVVITRNIIGKKRFNQLRGKAIALHSQVITEFCKSIGADNKQRQGLIRLAKKNGEWLGFLA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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