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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001691

染色体: Chr08 坐标: 14152883-14155621 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001691
名称SmilChr08G001691
描述peroxygenase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向14152883 - 14155621 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001236
GeneID131001236
locus_tag-
NCBI NameLOC131001236
原始查询SmilChr08G001691

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peroxygenase-like
产物peroxygenase-like
ArabidopsisAT2G33380 (RD20)
Caleosin-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817901]
identity=61.6; qcov=0.958; evalue=3.67e-108; confidence=high
RiceOs04g0511200 (EFA27)
-
identity=66.2; qcov=0.967; evalue=6.31e-117; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005509 (calcium ion binding)
KEGGsmil00073 (Cutin, suberine and wax biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF05042 (Caleosin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001236

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057783545.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057783545.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783545.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783545.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783545.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:14153959 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C85
Chr8:14153959 C CG 1bp_insertion CDS_variant 1 C85
Chr8:14154439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783545.1
239 aa
N
1
120
239
Caleosin
C
PF05042 Caleosin 60-226 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783545.1 Pfam PF05042 Caleosin Family 60 226 1.5e-76 256.7 Caleosin related protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927562.1
ATGTTGCATTAATTAAGTTTCAAACAAGTTGTTGTCGCATCAACTATTTCGATCACGTAACTCTCATCTCACGATTCTCACCAATCAAAATTTGAGTAGGCTTGTTGAGCTTCTTGACACGAGGAAACACCAAAACTCTTTCTCTGCTGCACAACATAAATACAACACTTGCATGATGCGAATTGCGTAGATCAATTGTGGGATTCTTAGCAGAAAATCACATTCGATTTGTTTTTGGGTTTGCGTAGGAATTAGTGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001236
ATGGCTGCTGTGGACAAAAATCCGGCCTTGTCTCCGGTGGCGCATCTTGCGCCGGTGACGACCAAGCGCCCGGTGCGCACAGACCTAGAAACTTCAATTCCGAAACCCTATATGGTGAGAGGATTGGTTGCTTCTGATATGGAACACCCTGATGGAACTCCGGGGCGTACGCATCGTGATATGAGTGTCCTGCAGCAGCATGCTGCTTTCTTTGATCTAGACAGCAACGGTATCATTTATCCATGGGAAACCTATGCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783545.1
MAAVDKNPALSPVAHLAPVTTKRPVRTDLETSIPKPYMVRGLVASDMEHPDGTPGRTHRDMSVLQQHAAFFDLDSNGIIYPWETYAGCRKIGFNVVLSLFLGIFINVVMSYPTLPGWLPSPLFPIYISNIHKGKHGSDSATYDTEGRYSPVNFENIFSKHAKTFPDKLTFREVWNMTEANRNALDFIGWILSKMEWIVLYMLARDREGLLSKEAVRRCFDGSLFEYFARMQTQGEKKME

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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