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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001693

染色体: Chr08 坐标: 14178903-14179933 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001693
名称SmilChr08G001693
描述transcription factor MYB10-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向14178903 - 14179933 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001238
GeneID131001238
locus_tag-
NCBI NameLOC131001238
原始查询SmilChr08G001693

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor MYB10-like
产物transcription factor MYB10-like
ArabidopsisAT1G79180 (MYB63)
myb domain protein 63 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844259]
identity=63.2; qcov=0.63; evalue=5.3e-54; confidence=high
RiceOs10g0478300 (MYB110)
-
identity=68.1; qcov=0.523; evalue=2.41e-55; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001238

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783548.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783548.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783548.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783548.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057783548.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:14179255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:14179555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr8:14179565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr8:14179710 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A16
Chr8:14179710 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 A16
Chr8:14179712 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783548.1
216 aa
N
1
108
216
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 13-60 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 16-74 aa PF00249 Myb_DNA-binding 66-111 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 69-117 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783548.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 13 60 3e-30 104.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057783548.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 16 74 4.4e-18 65.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057783548.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 66 111 3e-30 104.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057783548.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 69 117 4.4e-18 65.9 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927565.1
GTCTTTTGTTCCTTAAGTTCACATTCATGTGTCTGTGTTCCTGCTTTCGTGTACACAGCATATATAGAGTAAGAGAGTGAGATGCATTATACTGTTTCATCTGGGATTTGGGATAGCTAGAAAGGGAAACAATGAGAAAACCCAGTGTTGACAAGAATGGAGTGAAGAAAGGAGCGTGGAGTGAAGAAGAAGACAACAAGCTAAGATCTTACATTCTCAGATATGGCCACTGGAACTGGAGATTGCTGCCCAAGTTTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001238
ATGAGAAAACCCAGTGTTGACAAGAATGGAGTGAAGAAAGGAGCGTGGAGTGAAGAAGAAGACAACAAGCTAAGATCTTACATTCTCAGATATGGCCACTGGAACTGGAGATTGCTGCCCAAGTTTGCTGGTCTAGCTAGATGTGGCAAGAGTTGCAGACTGCGATGGGTAAACTATCTTAAACCTGGTCTAAAACGAGGGGGTTTCACCATCGAAGAAGAAAATCTGATCGCTAAACTACACGATGAGCTTGGCAACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783548.1
MRKPSVDKNGVKKGAWSEEEDNKLRSYILRYGHWNWRLLPKFAGLARCGKSCRLRWVNYLKPGLKRGGFTIEEENLIAKLHDELGNKWSAMAAIIPGRTDNEIKNFWHTHLKKRSKKVPAAPASPSPSPSESKGCEKVILESSRGVVWDSEESGGEAEKGESPIQVEFNERGSGTRLLDGFLDSFWTHPFLVDTSYTHHHSFSAFMDQEDAIYLFT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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