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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001696

染色体: Chr08 坐标: 14184473-14185406 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001696
名称SmilChr08G001696
描述uncharacterized SmilChr08G001696
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向14184473 - 14185406 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998103
GeneID130998103
locus_tag-
NCBI NameLOC130998103
原始查询SmilChr08G001696

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phospholipase-like protein (PEARLI 4) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829663]; symbol=AT4G35110; hit=AT4G35110; species=arabidopsis; confidence=low
产物phospholipase-like protein (PEARLI 4) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829663]; symbol=AT4G35110; hit=AT4G35110; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G35110 (AT4G35110)
phospholipase-like protein (PEARLI 4) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829663]
identity=25.9; qcov=0.598; evalue=1.4e-10; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF05278 (PEARLI-4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998103

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779521.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779521.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779521.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779521.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779521.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:14184864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr8:14184966 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 7 A21,B140,B63,C16,C40,C46,C82
Chr8:14185206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779521.1
264 aa
N
1
132
264
PEARLI-4
C
PF05278 PEARLI-4 90-249 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779521.1 Pfam PF05278 PEARLI-4 Family 90 249 1.4e-12 48.5 Arabidopsis phospholipase-like protein (PEARLI 4)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923538.1
ATGGCAGGGCGAGGAAGAAAGAGAAGAAGAGAATGTGAAAATGGAAAAGCTGCAGCCAAAAACTATCATCCTCAATCTCATAACAATAACACTGTCCACCACCAATCTTCTCAGGACTATCCATTTTCTCCTCCATTGTGTTCTAGAGGAGTAGTCCTCACTTCGCCTCCTTTCTCCAAGAAACCATTCGGAAGCCCTAGCATTAAGACTCCGGACAACTCGAAACCAATATTAATCATAACTCTCGATGAAGACGACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998103
ATGGCAGGGCGAGGAAGAAAGAGAAGAAGAGAATGTGAAAATGGAAAAGCTGCAGCCAAAAACTATCATCCTCAATCTCATAACAATAACACTGTCCACCACCAATCTTCTCAGGACTATCCATTTTCTCCTCCATTGTGTTCTAGAGGAGTAGTCCTCACTTCGCCTCCTTTCTCCAAGAAACCATTCGGAAGCCCTAGCATTAAGACTCCGGACAACTCGAAACCAATATTAATCATAACTCTCGATGAAGACGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779521.1
MAGRGRKRRRECENGKAAAKNYHPQSHNNNTVHHQSSQDYPFSPPLCSRGVVLTSPPFSKKPFGSPSIKTPDNSKPILIITLDEDDELHHHEKAKETSVEVISEIPGSSPINGAFEYVDGHWVKTESAPLLRAIFDKYGNITKDTDVKSPYHLSIFLERLCHVYQRLECVDLTRAELQGITSELRLLEARKISVGWILERVENISQSFQDCQRAARFDALEKDLEEYERQVCLLQQKISSTKAELLMHKPKNDQVKEGGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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