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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001712

染色体: Chr08 坐标: 14334111-14335257 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001712
名称SmilChr08G001712
描述late embryogenesis abundant protein 1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向14334111 - 14335257 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001257
GeneID131001257
locus_tag-
NCBI NameLOC131001257
原始查询SmilChr08G001712

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述late embryogenesis abundant protein 1-like
产物late embryogenesis abundant protein 1-like
ArabidopsisAT4G13560 (UNE15)
Late embryosis abundant protein (LEA) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826989]
identity=43.3; qcov=1.09; evalue=1.39e-14; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF27970 (LEA1_2_D7_KIN2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001257

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057783577.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057783577.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057783577.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783577.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783577.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:14334688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C86
Chr8:14334712 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:14334750 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C17
Chr8:14334750 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 C17
Chr8:14334913 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 A9
Chr8:14334913 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 A9
Chr8:14334916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783577.1
89 aa
N
1
44
89
LEA1_2_D7_KIN2
C
PF27970 LEA1_2_D7_KIN2 30-86 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783577.1 Pfam PF27970 LEA1_2_D7_KIN2 Family 30 86 8.1e-13 49.6 LEA protein 1/2/D7/Stress-induced protein KIN2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927594.1
TATAAATACCTCATACAAAATCCAAAACTGCAAATTGATCACACGTACCAAAAGCTGTATATTATCTTCCTACATAAATAAATCTCGAACAAAATGTCTTCCCAACTCCACGCAGGCAATACTCAGGCCAAGATACAAGAGTTTGAAGAATCGGCTAAGAGCACGGCAAGCGCGGCCCATGATAAGGCCGCTGATGCAGCAAATGCGGCCCATGAGGCAGGTGGTCAGGCCCAAGCACAGGCCCACAGGACCCAGGAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001257
ATGTCTTCCCAACTCCACGCAGGCAATACTCAGGCCAAGATACAAGAGTTTGAAGAATCGGCTAAGAGCACGGCAAGCGCGGCCCATGATAAGGCCGCTGATGCAGCAAATGCGGCCCATGAGGCAGGTGGTCAGGCCCAAGCACAGGCCCACAGGACCCAGGAAGATGCTGCCGGATTTCTTCAGCAGACCTCAGAGCAGGTGGCTAACATGGCTCAGGGTGCCCTCGATGGGGTGAAGAACACTCTTGGAATTGGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783577.1
MSSQLHAGNTQAKIQEFEESAKSTASAAHDKAADAANAAHEAGGQAQAQAHRTQEDAAGFLQQTSEQVANMAQGALDGVKNTLGIGDKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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