当前解析结果
SmilChr08G001750| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001750 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001750 |
| 描述 | cytochrome b5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 14719934 - 14722041 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001293 |
|---|---|
| GeneID | 131001293 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001293 |
| 原始查询 | SmilChr08G001750 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome b5-like |
| 产物 | cytochrome b5-like |
| Arabidopsis | AT2G32720 (CB5-B)cytochrome B5 isoform B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817832] identity=48.1; qcov=0.993; evalue=2.33e-44; confidence=medium |
| Rice | Os01g0971500- identity=48.1; qcov=0.993; evalue=2.51e-40; confidence=medium |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0020037 (heme binding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00173 (Cyt-b5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001293 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057783629.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057783629.1 |
| 3 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057783629.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783629.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783629.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:14720177 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,C82 |
Chr8:14720198 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B14,B140,C82 |
Chr8:14720269 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,B63,D11 |
Chr8:14720274 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B111,B80,B97,C21,C30,C36,D4 |
Chr8:14720285 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B111,C36 |
Chr8:14720285 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B111,C36 |
Chr8:14720290 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B111,C36 |
Chr8:14720290 |
A |
AC |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B111,C36 |
Chr8:14721881 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B59 |
Chr8:14721881 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B59 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783629.1PF00173
Cyt-b5 9-80 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783629.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 9 | 80 | 1.7e-26 | 92.7 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。