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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001759

染色体: Chr08 坐标: 14789447-14795599 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001759
名称SmilChr08G001759
描述ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向14789447 - 14795599 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001302
GeneID131001302
locus_tag-
NCBI NameLOC131001302
原始查询SmilChr08G001759

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
产物ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
ArabidopsisAT2G47300 (POP1)
ribonuclease Ps [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819343]
identity=46.1; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0677500
-
identity=33.1; qcov=0.615; evalue=6.79e-74; confidence=low
GOGO:0000172 (ribonuclease MRP complex); GO:0001682 (tRNA 5'-leader removal); GO:0005655 (nucleolar ribonuclease P complex)
KEGGsmil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF06978 (POP1_N); PF08170 (POPLD); PF22770 (POP1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001302

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783639.1
2 Nucleolus 核仁 0.80000 XP_057783639.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783639.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783639.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783639.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:14790463 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B69,C74,C86
Chr8:14790466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B82,C48
Chr8:14790491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B69,C74,C86
Chr8:14790507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B69,C74,C86
Chr8:14790571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:14790645 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,C74,C86
Chr8:14790678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B69,C74,C86
Chr8:14790686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B69,C74,C86
Chr8:14790754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,C86
Chr8:14790815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr8:14791724 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 16 A14,B108,B130,B135,B137,B22,B26,B36,B55,B81,B91,C2,C24,C32,C79,C82
Chr8:14791725 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 80 A13,A15,A16,A19,A22,A23,A4,A7,A9,B103,B106,B109,B110,B115,B117,B121,B122,B123,B124,B127,B129,B130,B131,B132,B137,B15,B16,B18,B19,B20,B21,B27,B33,B41,B42,B43,B44,B48,B51,B52,B56,B59,B6,B62,B64,B68,B73,B80,B83,B85,B86,B88,B9,B93,B96,C1,C12,C14,C26,C34,C36,C37,C41,C43,C50,C51,C55,C59,C63,C67,C74,C75,C77,C84,C85,C9,D2,D4,D6,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783639.1
841 aa
N
1
420
841
POP1_N
POPLD
POP1_C
C
PF06978 POP1_N 116-175 aa PF08170 POPLD 489-564 aa PF22770 POP1_C 758-830 aa
XP_057783640.1
841 aa
N
1
420
841
POP1_N
POPLD
POP1_C
C
PF06978 POP1_N 116-175 aa PF08170 POPLD 489-564 aa PF22770 POP1_C 758-830 aa
XP_057783641.1
841 aa
N
1
420
841
POP1_N
POPLD
POP1_C
C
PF06978 POP1_N 116-175 aa PF08170 POPLD 489-564 aa PF22770 POP1_C 758-830 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783639.1 Pfam PF06978 POP1_N Domain 116 175 4.1e-13 50.5 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1, N-terminal
XP_057783639.1 Pfam PF08170 POPLD Domain 489 564 1.7e-16 61.0 POPLD (NUC188) domain
XP_057783639.1 Pfam PF22770 POP1_C Domain 758 830 3.8e-12 47.5 POP1 C-terminal domain
XP_057783640.1 Pfam PF06978 POP1_N Domain 116 175 4.1e-13 50.5 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1, N-terminal
XP_057783640.1 Pfam PF08170 POPLD Domain 489 564 1.7e-16 61.0 POPLD (NUC188) domain
XP_057783640.1 Pfam PF22770 POP1_C Domain 758 830 3.8e-12 47.5 POP1 C-terminal domain
XP_057783641.1 Pfam PF06978 POP1_N Domain 116 175 4.1e-13 50.5 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1, N-terminal
XP_057783641.1 Pfam PF08170 POPLD Domain 489 564 1.7e-16 61.0 POPLD (NUC188) domain
XP_057783641.1 Pfam PF22770 POP1_C Domain 758 830 3.8e-12 47.5 POP1 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927657.1
TTTTCTGATTTCTGAAAATCTGTTATCCCAGCCGCGCGCCCTACTCCTCTGTCTTTGAACTCTCTCTGTCTTTGGTTCGCGTGTCGCCGCCGGTGCCGTCGGCCCCCCGCCCCTCCAGACCGGCAGACCCAGGCCCGCAAGCAAGGCACGCCCAGTCGCTTCGCTCGTCCCCGAATCCGTACTCCGGTGGCGGCGCTCCATTGTTAGGTGGTGATAGAATTGAAAACCGCCTGAAGAAGCCAACGACCTTCCTCTGCAAG...
XM_057927658.1
TTTCTGATTTCTGAAAATCTGTTATCCCAGCCGCGCGCCCTACTCCTCTGTCTTTGAACTCTCTCTGTCTTTGGTTCGCGTGTCGCCGCCGGTGCCGTCGGCCCCCCGCCCCTCCAGACCGGCAGACCCAGGCCCGCAAGCAAGGCACGCCCAGTCGCTTCGCTCGTCCCCGAATCCGTACTCCGGTGGCGGCGCTCCATTGTTAGGTGGTGATAGAATTGAAAACCGCCTGAAGAAGCCAACGACCTTCCTCTGCAAGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131001302
ATGGTGACAAATAGCAATAAAGCCGGAGTACCAGCTCCTCCACACGAACTTCATGTGTGGAAATTTGCGGAGTCTAGAGCTCCTGAGATTGAGGGACTGCACTCTATTATTGCTGATCGTTTGGATAACAATTTCCAGTCTCAAAGGAACAAGAGGAGGAGAACTACTGGACATGACGATCGAGTTGCAAGAAAGAAGTTCAGAAAGAGAAGTAATGGATTAGGACATGCAGCCAAAATTGATTCAATGAGGAAAGATGA...
LOC131001302
ATGGTGACAAATAGCAATAAAGCCGGAGTACCAGCTCCTCCACACGAACTTCATGTGTGGAAATTTGCGGAGTCTAGAGCTCCTGAGATTGAGGGACTGCACTCTATTATTGCTGATCGTTTGGATAACAATTTCCAGTCTCAAAGGAACAAGAGGAGGAGAACTACTGGACATGACGATCGAGTTGCAAGAAAGAAGTTCAGAAAGAGAAGTAATGGATTAGGACATGCAGCCAAAATTGATTCAATGAGGAAAGATGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057783639.1
MVTNSNKAGVPAPPHELHVWKFAESRAPEIEGLHSIIADRLDNNFQSQRNKRRRTTGHDDRVARKKFRKRSNGLGHAAKIDSMRKDENKVSRRVRRNVELKKNLPTGYGTSGDGTKRLRTHVWHAKRFKMEKLWGFYIPLGLHGRGRGSRALLKKLKNGVLVHDASYYSAIQLEGPQETLISVLRSVLVPSPSACCEETLHDVLVGNVFGTAMLHDSRNPSFPPVAPVTYMWRPMQQISTNVEELSREVSGEEQNIDNTA...
XP_057783640.1
MVTNSNKAGVPAPPHELHVWKFAESRAPEIEGLHSIIADRLDNNFQSQRNKRRRTTGHDDRVARKKFRKRSNGLGHAAKIDSMRKDENKVSRRVRRNVELKKNLPTGYGTSGDGTKRLRTHVWHAKRFKMEKLWGFYIPLGLHGRGRGSRALLKKLKNGVLVHDASYYSAIQLEGPQETLISVLRSVLVPSPSACCEETLHDVLVGNVFGTAMLHDSRNPSFPPVAPVTYMWRPMQQISTNVEELSREVSGEEQNIDNTA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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