Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001764`

染色体: Chr08 坐标: 14852364-14853653 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001764`
名称	SmilChr08G001764
描述	UPF0481 protein At3g47200-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	14852364 - 14853653 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998111`
GeneID	`130998111`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998111`
原始查询	`SmilChr08G001764`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UPF0481 protein At3g47200-like
产物	UPF0481 protein At3g47200-like
Arabidopsis	`AT3G50160` (AT3G50160) transmembrane protein, putative (DUF247) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824178] identity=27.5; qcov=0.923; evalue=2.4e-37; confidence=low
Rice	`Os01g0562600` - identity=29.9; qcov=0.911; evalue=7.21e-42; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03140 (DUF247)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998111

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057779529.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779529.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779529.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779529.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779529.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:14852368`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	112	A1,A11,A13,A14,A15,A18,A19,A20,A23,A24,A25,A3,A4,A9,B1,B10,B100,B104,B106,B107,B11,B111,B112,B114,B12,B121,B124,B125,B127,B133,B14,B15,B18,B2,B21,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B36,B38,B39,B45,B49,B53,B55,B57,B58,B59,B60,B62,B66,B69,B73,B79,B80,B82,B83,B84,B86,B88,B89,B91,B94,B95,C10,C13,C14,C15,C17,C20,C21,C23,C24,C27,C28,C29,C3,C32,C35,C37,C4,C48,C49,C5,C54,C59,C60,C62,C68,C7,C71,C72,C73,C74,C77,C78,C79,C81,C84,C85,D10,D3,D5,D7,D9
`Chr8:14852448`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B68,C11,C69,D4
`Chr8:14852617`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	27	A10,A13,A18,B100,B103,B118,B127,B138,B14,B15,B18,B30,B35,B39,B53,B60,B74,B87,B99,C24,C28,C45,C5,C63,C71,C80,C87
`Chr8:14852620`	`T`	`TTG`	2bp_insertion	frameshift_variant	27	A10,A13,A18,B100,B103,B118,B127,B138,B14,B15,B18,B30,B35,B39,B53,B60,B74,B87,B99,C24,C28,C45,C5,C63,C71,C80,C87
`Chr8:14852640`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C36
`Chr8:14852659`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	63	A11,A13,A15,A20,A21,A24,A3,A9,B102,B114,B124,B130,B137,B16,B19,B20,B23,B30,B32,B37,B4,B46,B51,B52,B54,B56,B57,B58,B65,B69,B7,B73,B82,B83,B86,B9,B96,B98,C10,C14,C15,C18,C23,C26,C3,C30,C31,C36,C38,C46,C50,C54,C56,C6,C62,C70,C72,C75,C8,C84,D10,D5,D9
`Chr8:14852662`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B110
`Chr8:14852663`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C36,C38
`Chr8:14852670`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	13	A18,A6,B10,B106,B117,B125,B28,B75,B76,B79,C13,C31,C34
`Chr8:14852721`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C64,C65,C66,C72,C8
`Chr8:14852722`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B76,B9,C22,C78
`Chr8:14852737`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,C17,C50,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779529.1

429 aa

214

429

DUF247

PF03140 DUF247 34-408 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779529.1`	Pfam	`PF03140`	DUF247	Family	34	408	1.3e-89	302.1	Plant protein of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923546.1
ATGGGAGAGGTTTCACCAAAACATAAGGAGTACGTGGGCGTCGATATACCGCCGGCGGCGGTGGTTCTGCAGAGAGTGGCGACACAAGTGGTCGGGTGCAAGAGAGAAATAGACGACGGCATCTACCACCCCGTCCTCGTCTCCCTCGGCCCCTACCATCACGGCCACCCCCGCCTCAAGAAACTCGAGCATCTCAAATCCGAGATCCTCCCCCTGCTCCTCTCAGACACCCAAAGCAGCGTCCTTCTCAGGGACATCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998111
ATGGGAGAGGTTTCACCAAAACATAAGGAGTACGTGGGCGTCGATATACCGCCGGCGGCGGTGGTTCTGCAGAGAGTGGCGACACAAGTGGTCGGGTGCAAGAGAGAAATAGACGACGGCATCTACCACCCCGTCCTCGTCTCCCTCGGCCCCTACCATCACGGCCACCCCCGCCTCAAGAAACTCGAGCATCTCAAATCCGAGATCCTCCCCCTGCTCCTCTCAGACACCCAAAGCAGCGTCCTTCTCAGGGACATCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779529.1
MGEVSPKHKEYVGVDIPPAAVVLQRVATQVVGCKREIDDGIYHPVLVSLGPYHHGHPRLKKLEHLKSEILPLLLSDTQSSVLLRDIRNLSREIRAFYEDINHLSDEALSKMMLLDACFLIYCIQKMAAHYDHDDVLNRLGMSRLAVIVRDFFMWENQLPFFLLKIIIPFTCEGIDDKSVDAFFCRLVSSMINCGDSCTQNLPQVPEGKQVRHLLDACRAALVQEKETTEAETVKAVNSQFRSVTDLKAKGIHFRPTKSKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器